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猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)是目前造成猪病毒性腹泻的三种主要病原,且在临床症状、病理变化以及流行病学上极为相似。传统检测方法虽能对三者进行鉴别诊断,但因操作复杂、检测周期长、灵敏度低等缺点而在实践中并不常用。本试验针对三种病毒的保守序列分别设计特异性引物,并在明确各病毒单项RT-PCR最优反应条件的前提下,逐步优化多重RT-PCR反应条件,最终建立了可同时检测上述三种病毒的多重RT-PCR检测方法。特异性、灵敏性及一致性试验结果表明,多重RT-PCR方法特异性强,灵敏度高,与常规RT-PCR方法的整体符合率为97.5%,适用于三种病毒的鉴别诊断和流行病学调查。应用已建立的多重RT-PCR方法,对2013～2015年间内蒙古9个盟市的413份腹泻样品和115份无腹泻症状样品进行PEDV、TGEV、PoRV三种病原的检测。结果显示,受检的413份腹泻病料中有260份呈现PEDV阳性,阳性率为62.95%；未发现TGEV感染病例；PoRV仅于个别猪场与PEDV昆合感染,阳性率为1.94%。在未发生腹泻的猪群中同样存在PEDV感染,阳性率为41.74%,未发现TGEV感染,仅发现一例PoRV感染猪只。不同日龄猪群均存在PEDV感染,以哺乳仔猪阳性率最高,达72.03%；其次是母猪。此外,不同类型样品的病原检出率有所差异,肠道样品中PEDV检出率最高,达87.50%,其次是肛门拭子,粪便中PEDV阳性率最低,为52.50%。检测结果表明,PEDV是引起内蒙古地区猪群病毒性腹泻的主要病原,并主要危害哺乳仔猪。对各盟市PEDV检测为阳性的病料进行M、S基因的克隆、测序,并与国内外已报道的57条基因序列进行比对和遗传进化分析。同源性及遗传进化分析结果表明,CH/NMG/HLBE株、CH/NMG/BYNE株、CH/NMG/CF株和CH/NMG/EEDS株、CH/NMG/BT株、CH/NMG/HHHT株同源性较高,并与近年来流行的“亚美型”毒株亲缘关系较近,同位于G1分支上；CH/NMG/WLCB株和CH/NMG/XLGL株与疫苗株Vaccine CV777同源性较高,同位于G3分支上；CH/NMG/TL株则与吉林CH/JLGZ/2011株亲缘关系最为密切,同位于G2分支。核苷酸及氨基酸序列比对结果表明,PEDV的M基因较为保守,但其S基因变异明显,且主要集中于S1区的N’端。