我国大学院系设置存在标准不一、数量过多、院系结构繁杂的问题,院系管理存在学术权力与行政权力不均衡、党政不分的现象,这成为我国大学内部管理体制改革的重点和难点。而教育实践离不开教育制度的干预与指导,大学院系设置与管理改革也需要相应的制度来指导,因此探究中国大学院系设置与管理制度的历史变迁有助于揭示我国院系设置与管理乱象的根源,并有助于指导当前的大学院系设置与管理改革。本文以时间为线索,以大量政策文本为载体,以制度变迁为理论基础,梳理了清朝末期以来我国大学院系设置与管理制度的变迁历史。我国大学院系设置与管理制度经历了5个时期:晚清的制度萌芽,北洋政府的制度发展,民国时期的制度定型,建国后至改革开放前的制度转型,改革开放后的制度重建。通过分析每一时期的政策文本、政策实施效果,发现不同时期的大学院系在数量、结构、管理方式上有不同的特点。纵观百余年来我国大学院系设置与管理制度的演变,可以发现我国大学院系设置与管理制度文本数量少、制度文本缺乏规范的特点,存在变迁方式以强制性为主、变迁过程以渐进性为主、存在路径依赖的特点。我国大学院系设置与管理制度变迁与政治因素、经济转型、国际借鉴、大学自身诉求息息相关。我国大学院系设置与管理制度的历史演变表明当前的大学院系设置与管理是历史延续的结果,大学院系设置与管理需要制度来指导。我国目前由高校自发进行的、为优化自身结构和发展而进行的院系设置与管理改革出现的种种乱象,既是历史延续的结果,又是缺乏制度保障的结果。随着高校办学自主权的下放,政府不再制定具体的政策来指导大学院系设置与管理,这就需要大学制定、落实章程来加强、规范大学的内部管理。