薄壳山核桃初植密度稀、行间土地资源浪费,林下复合盛行。但其复合经营对于土壤的长期影响关乎上层薄壳山核桃的生长结实。本研究以3种不同薄壳山核桃复合模式（薄壳山核桃-油用牡丹-黄花菜pecan+Paeonia suffruticosa+Hemerocallis citrina,PPH;薄壳山核桃-油用牡丹pecan+Paeonia suffruticosa,PPS;薄壳山核桃-芍药pecan+Paeonia lactiflora Pall,PPL）和薄壳山核桃纯林模式为研究对象,研究农林复合对土壤理化性质及土壤酶活性的影响;并基于16S r RNA和ITS2扩增子测序技术,分析了农林复合对土壤微生物（细菌和真菌）群落物种多样性的影响。旨在找出满足薄壳山核桃生长结实的复合模式。主要研究结论如下:（1）与纯林相比,PPH和PPL复合林分土壤容重降低,土壤含水率和土壤总孔隙度有所增加。农林复合后0-20 cm和20-40 cm土层土壤电导率增加,而PPS复合林分对土壤物理性质改善不明显。与单作薄壳山核桃相比,复合后土壤p H值下降了0.96%-2.41%。土壤p H与土壤全氮（TN）、全磷（TP）、铵态氮（NH4+-N）、速效磷（AP）、速效钾（AK）含量之间存在负相关关系,相关程度依次为:TN>AP>AK>TP>NH4+-N;与土壤Ca含量呈显著正相关。3种复合林分0-20 cm土层土壤全磷、全氮、速效钾、全碳含量均显著提高,其中PPS复合模式显著增加土壤钾钙镁含量。速效磷含量随土层加深呈降低的趋势。（2）农林复合能提高部分土壤酶活性。在0-20 cm土壤中,与纯林相比,农林复合系统脲酶、碱性磷酸酶和1,4-β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶活性显著升高。PPH复合林分土壤多酚氧化酶活性高于其他模式。而纯林土壤纤维二糖水解酶、过氧化物酶和β-1,4-葡萄糖苷酶高于其他模式。土壤酶活性与土壤理化性质具有相关性。土壤碱性磷酸酶活性与全氮、土壤含水率、全磷、速效钾和全碳含量之间呈显著正相关。土壤纤维二糖水解酶活性与铵态氮、速效钾、全氮和全碳呈显著负相关。土壤多酚氧化酶活性与土壤容重、全磷和全镁含量呈显著负相关。（3）复合增加土壤微生物群落多样性及丰度。PPS复合林分土壤细菌及真菌Alpha指数最高,其次是PPH。而PPL林分土壤细菌及真菌Alpha指数最低。0-20cm土层的细菌优势菌门为变形菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、放线菌门和绿弯菌门,其中变形菌门、酸杆菌门、放线菌门和绿弯菌门在不同农林复合模式间差异显著。0-20 cm土层的真菌优势菌门为子囊菌门、担子菌门和接合菌门。通过冗余分析微生物群落结构与土壤理化性质的潜在关系可知,全氮、全磷和硝态氮是解释细菌群落差异的最关键因素,电导率和全钾是解释真菌群落差异的最关键因素。总之,农林复合能有效增加薄壳山核桃林分土壤理化性质、酶活性和土壤细菌及真菌的群落多样性,在兼顾土壤肥力效益的土地上,适宜推广薄壳山核桃-油用牡丹间作模式,其次是薄壳山核桃-油用牡丹-黄花菜模式。