乡镇事业单位改革是事业单位改革的难中之难、重中之重。在乡镇事业单位改革方面进行一些理论上的探讨既可丰富学术上的争鸣，又可给改革中的人们以实践操作上的指导。新农村建设的提出是农业发展的一个崭新起点，是农村发展战略的重大转变。新农村建设对乡镇事业单位提出了新要求。文章针对具体典型案例，结合乡镇事业单位的普遍情况进行了分析，找出了乡镇事业单位存在的四大主要问题。乡镇事业单位这些问题的存在既有其现实原因也有其历史原因，既有人为因素也有客观因素，造成这些问题的共同和根本原因在于人治过多法治过少，但都对社会以及乡镇事业单位本身造成了较大的危害。现有乡镇事业单位的改革模式主要有三种：一是综合设置模式，二是设置行业模式，三是社会服务模式。综合设置模式没有充分考虑到新农村建设的需求，又没有考虑到新农村建设中乡镇机构改革的需求，增大了下一步撤乡并镇的难度。行业设置模式增加了农民的办事难度，同时使得乡镇对事业单位的管理难度加大。社会服务模式将导致农村基层组织政权的弱化，农民利益的受损，与新农村建设的初衷背道而驰。文章提出的改良模式是：按撤乡并镇的需要，在一些人员较为集中的建制镇设置事业机构1-2个。将其余所有涉农事业单位合并成一个农业服务中心，在每个乡镇均予设置。文章提出了新农村建设背景下推进乡镇事业单位改革的几个具体对策。认为在进行乡镇事业单位改革以前，要对乡镇事业单位进行科学定性与分类。首先要合理配置职能并理顺管理体制。二要撤并机构并发挥其效能。三要精简人员且保证改革资金足额到位。四要优化人员结构。最后，文章做了大胆预测——乡镇事业单位将随着经济的发展和政治体制的完善最终消亡。但在新农村建设这一特定背景下，它的存在将会是一段相当长的时期并将因其特殊地位而为我国新农村建设做出巨大贡献。