浙江楠（Phoebe chekiangensis C.B. Shang）是我国特有的珍贵用材与观赏树种，属国家二级保护的渐危种。本项研究全面调查了浙江楠自然分布区资源现状，选择典型群落进行群落结构和生物多样性调查分析。利用Solexa测序平台对浙江楠转录组进行高通量测序来搜寻SSR位点，并应用多态性EST-SSR标记对7个浙江楠天然群体190个单株进行遗传多样性评价，取得以下研究结果：1.天然群落结构分析表明，浙江楠6个种群间相似性系数为0.061-0.400，相似性系数最小的两个群落为浙江永嘉和江西婺源，而浙江松阳与江西婺源相似性系数最高；浙江楠在6个群落的重要值为16.27%-43.09%，重要值最小为浙江泰顺群落，而最大为江西黎川群落，并发现这种结构的差异与其群落保护程度直接相关；基于叶片表型将7个群落进行UPMGA聚类，聚成5类。2.浙江楠转录组的高通量测序获得有效Reads数据0.53亿条，数据量4.9G，平均长度94.31bp；DE NOVO拼接得到111250个Unigenes，总长度为79126921bp。基因功能注释与分类结果表明，共有47525个Unigenes比对上NR蛋白库，占42.72%；16135个Unigenes与KEEG库有同源信息，占14.5%，注释到984个酶，代谢通路为298个；25种KOGs有15605个Unigenes有具体蛋白功能注释；在GO功能分类中，共60个类别包括36370个Unigenes有具体功能注释。3.利用MISA软件对111250条浙江楠EST序列进行搜索，其中19259条EST含SSR位点，共22985个SSRs，频率为17.31%。重复类型主要为二核苷酸和三核苷酸重复，分别占56.14%和42.11%。随机挑选设计90对引物，73对可扩增出预期目的条带，其中41对引物具有较好多态性。4.应用41对多态性引物对7个浙江楠天然群体的190个单株进行扩增，41个SSR标记的多态性信息含量(PIC)为0.0452-0.5896，平均为0.32。共检测到88个等位基因，平均观察等位基因数（na*）为2.00，平均有效等位基因数（ne*）为1.73，Shannon，多样性指数（I*）平均为0.41，Nei’s遗传多样性指数（h*）为0.5911。基因分化系数（Fst）为0.20，基因流（Nm）为1.99。5.NTS聚类分析表明，190个浙江楠单株在遗传距离为0.68时可分成5类。基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类分析显示，7个浙江楠天然群体可分为4类：浙江杭州、浙江松阳聚为一类；浙江泰顺、浙江永嘉聚为一类；江西铅山、江西婺源聚为一类；江西黎川单独聚为一类。群体遗传结构分析软件Structure2.3将7个天然群体190个单株划分为5个亚群，这与NTS聚类结果相似。6.Mantel检测结果表明，群体间遗传距离与地理距离呈极显著正相关(r=0.616，P=0.005)；群体间遗传距离与气温差值相关性不显著(r=0.192，P=0.394)；群体间遗传距离与降水量差值相关性极不显著(r=0.012, P=0.958）。研究表明，浙江楠天然群体内遗传变异大于群体间的遗传变异，各群体间存在着一定的基因交流，同时表明地理距离是影响浙江楠群体间遗传距离的重要因素。