生物对极端环境如洞穴环境的适应性进化是近些年生物学界的热门问题之一。金线鲃属（Sinocyclocheilus）隶属于鲤形目(Cypriniformes)，鲤科(Cyprinidae)，鲃亚科(Barbinae)，是我国特有的鲤科鱼类，仅分布于云南、贵州和广西的喀斯特岩溶地貌区域中。本属鱼类物种分化强烈，物种形态差异明显，且含有丰富的洞穴物种(troglobite)，其洞穴适应性特征明显，是研究洞穴生物适应性进化的绝佳模型。目前关于该属物种起源分化和选择压力等适应性进化方面的研究相对较少。大量研究表明，洞穴环境对洞穴动物的能量代谢具有一定的影响，而线粒体素有“细胞动力工厂”之称，与能量代谢密切相关，且拥有其自身的遗传物质和遗传体系，选用线粒体基因组对该属物种洞穴型和地表型进行选择压力分析，可探究该属物种洞穴型与地表型在能量代谢上的差异的遗传基础。为此，本研究基于线粒体全基因组序列对该属鱼类的起源分化和选择压力等适应性进化问题进行初步探讨。　　本研究以金线鲃属季类、角类、驼背类和抚仙类4大类共8个物种为研究对象，其中季类代表物种为季氏金线鲃（Sinocyclocheilus jii），该类别为地表型;角类代表物种有叉背金线鲃(S.furcodorsalis)、高肩金线鲃(S.altishoulderus)以及短须金线鲃(S.brebibarbatus)，该类别全为洞穴型;驼背类代表物种有大眼金线鲃（S.macrophthalmus）和安水金线鲃(S.anshuiensis)，该类别中既有地表型也有洞穴型;抚仙类物种有大鳞金线鲃(S.macrolepis)和滇池金线鲃(S.grahami)，该类别以地表型为主。选用鲤科其它相关鱼类为外群，基于线粒体全基因组序列估计了金线鲃属代表物种的起源分化时间，并检测了它们所受到的选择压力。　　经深入分析，本研究得出以下主要结果与结论:　　(1)我们所测定的5种金线鲃的线粒体基因组长度约为16，500bp，与已发表的滇池金线鲃、叉背金线鲃以及高肩金线鲃的线粒体基因组长度非常相似。其中所有类别金线鲃代表物种核酸序列变异中，均为转换数明显多于颠换数，且以既含有洞穴种又含有地表种的驼背类金线鲃代表物种变异位点数最高。　　(2)就氨基酸序列而言，各类别金线鲃氨基酸组成含量均无显著差异，均为亮氨酸(Leu)含量最高，半胱氨酸(Cys)含量最低;中性氨基酸含量最高;非极性氨基酸含量高于极性氨基酸含量;疏水性氨基酸含量高于亲水性氨基酸含量。氨基酸序列变异位点数最高的也是驼背类金线鲃代表物种。　　(3)安水金线鲃为洞穴种，其系统发育地位与大眼金线鲃最为接近，大眼金线鲃为驼背类，故本研究倾向于把安水金线鲃归为驼背类。　　(4)金线鲃属鱼类最近共同祖先的起源时间为10.86个百万年前(Millionyearsago，Mya)，95％置信区间(confidence interval，CI)为8.6-12.9Mya。角类金线鲃随后分歧，分歧时间为8.06Mya，95％CI为6.0-10.2Mya。抚仙类和驼背类金线鲃在此之后分歧，其中驼背类中安水金线鲃分歧时间为7.31Mya，95％CI为5.4-9.4Mya，大眼金线鲃的分歧时间为6.52Mya，95％CI为4.6-8.6Mya;抚仙类金线鲃的分歧时间为5.77Mya，95％CI为3.8-7.9Mya。　　(5)季氏金线鲃线粒体蛋白质编码基因ND6和Cytb受到正选择作用，而角类金线鲃代表物种线粒体蛋白质编码基因表现出选择压力放松。