近年来，尤其是高校扩招以来，高等教育资源在区域间的配置情况受到越来越多的关注，许多学者从不同的角度对如何优化区域资源配置进行了较为丰富的研究。然而先前的研究多集中于省市层面，高校之间、省市内部的差异情况则较少涉及。本研究对高等教育资源配置差异的相关研究进行了梳理，在教育公平理论、差异发展理论的基础上，以差异性衡量指标(包括变异系数、基尼系数、泰尔系数)为主要方法，利用2005年高校财务数据进行实证研究，着重探讨了央属高校和省份因素对资源配置差异性的影响，并从高等教育管理体制的角度对研究结果进行解释。研究发现，央属高校对高校资源配置的差异有较大影响，尤其体现在高校财力资源方面；地方高校也因其所在省份、隶属关系而在资源配置方面存在较大差异：高校人力物力资源和财力资源存在背离。造成这些现象的主要原因在于我国高等教育实行分权化管理体制，不同级别的政府通过行政管理体制、财政管理体制、人事分配制度等对高等教育资源进行配置。　　 研究发现为优化我国高等教育资源配置提供了参考。在高等教育规模扩大的同时，还应对我国现行高等教育管理体制进行调整，完善中央政府对高等教育教育的投入政策、理清各级政府的办学权责、发挥地方政府办学积极性、赋予学校更多的自主权等途径，实现人尽其才，物尽其用，财尽其效。