GPI-PLD基因与酶蛋白质结构的生物信息学分析

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利用生物信息学技术,系统研究不同生物的GPI-PLD基因及其表达产物cDNA和蛋白质的分布特点,重点分析人的基因及其酶蛋白的结构。搜索基因和蛋白质数据库如IntEnz, Swiss-Prot ExPASy等,结合检索相关论文数据库如MEDLINE, PROSITE Database等,获得GPI-PLD(PLD1)的数据资料,利用网络和研究基因与蛋白质的相关软件,如BLAST、MEGA5、C1ustalX、PAUP、PHYLIP等软件,比对不同生物GPI-PLD基因的DNA序列、cDNA序列和蛋白质序列,分析GPI-PLD基因的结构特点,酶蛋白质的结构特点,同源进化树等方面的内容。1.30余种生物存在GPI-PLD基因,它们都为脊椎动物,人和猩猩该基因均定位在第6号染色体,人基因组GPI-PLD基因全长70791bp,包括25个外显子,24个内含子。细菌没有该基因。2.分析18种(重点分析7种)生物的GPI-PLD DNA序列,发现人与黑猩猩的同源性最高,人与鸡的同源性最低。人GPI-PLD基因编码区的碱基变异以单核苷酸多态性(SNPs)最常见。变异的类型主要涉及同义突变和错义突变。3.20余种生物表达GPI-PLD mRNA(cDNA)或酶蛋白。涉及到骨髓、胰腺等器官,以及RAW-264.7、SW-742等细胞株。亚细胞器包括细胞质膜、高尔基体和分泌囊泡等。人GPI-PLD cDNA全长约2800bp,入骨髓、胰腺和肝克隆的cDNA同源性超过95%。4.不同生物根据其基因推测的或经实验证实的GPI-PLD酶分子均为一条多肽链,其长短各不相同,同源进化树分析表明,人与海象进化更近,而与白颊长臂猿的进化最远。5.分析GPI-PLD酶分子,发现它既是糖蛋白也可被磷酸化修饰。酶分子中存在7个重复肽段,三个钙结合位点,8个糖基化位点,还有锌结合位点。6.分泌性GPI-PLD在测定其酶活性时必须加离子去垢剂,其最适pH为pH5-pH8。苏拉明、离子去垢剂等是该酶的激活剂,而邻二氮杂菲、溶血磷脂酸等是该酶的抑制剂。检索基因、蛋白质和相关论文等数据库,获取了大量GPI-PLD的数据和资料,分析或软件分析后获得了存在和表达该基因的生物种类,发现了人类该基因的结构特点、表达器官等,许多有意义的其它发现如人与其它生物该基因和酶的同源性、进化树等内容也被解析出来。
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