在学术研究、工业生产和制药领域中，常常需要大量纯化的、可溶的功能性蛋白质。然而，天然蛋白质的资源有限，并且分离纯化成本较高，无法满足实际需要。随着蛋白质工程和DNA重组技术的发展，重组蛋白在理化性质和生物学活性上已日趋接近于天然蛋白质，而且可以通过大规模制备源源不断地获得。目前用于重组蛋白表达的系统有很多，包括原核中的大肠杆菌表达系统，真核中的酵母表达系统、昆虫杆状病毒表达系统以及哺乳动物细胞表达系统等。随着蛋白组学的发展，重组蛋白的高通量表达已成为迫切需要。在此情况下，大肠杆菌成为重组蛋白表达的首选系统，这是因为其遗传背景清楚、培养条件简单、生长快、成本低、易大规模培养和拥有大量可利用的表达载体、宿主和纯化系统。但是，大肠杆菌表达系统通常会产生不溶的无活性的蛋白聚集，即包涵体，这是该系统应用的巨大障碍。解决这一问题的传统方法是对包涵体进行变性复性处理，但这种方法费时费力，且得率很低。随着对大肠杆菌中蛋白质折叠机制的深入研究，目前已经找到了一些提高重组蛋白在大肠杆菌中可溶性表达的方法；其中，融合表达策略是最常用的方法之一。在本研究中，我们利用两种不同的靶蛋白，分别为具有不溶性倾向的小牛肠激酶和中度可溶的绿色荧光蛋白，对不同的融合标签提高靶蛋白在大肠杆菌中表达的可溶性程度作以比较。在影响蛋白可溶性的蛋白各属性中，蛋白酸度尤为重要。我们的研究结果表明，融合标签的酸度越强，靶蛋白可溶性的改善程度就越明显。其中，MsyB是大肠杆菌中的一种酸性蛋白，过去它被认为具有抑制蛋白外运功能缺失突变的作用，这里我们通过实验证明它还是一种非常有效的蛋白可溶性标签，其显著的特征包括有助于重组蛋白高效可溶性表达，分子量相对较小，而且是大肠杆菌来源的蛋白等等。我们的研究结果大体上证实了Wilkinson-Harrison修正的可溶性模型，并对该模型的实质作了更深入的诠释。另外，我们还讨论了其它影响蛋白可溶性的因素，例如亲水性。最后，我们根据本研究结果初步建立了一套设计和探寻蛋白可溶性增强子的方案。