国家“十一五”规划纲要中首次提出推进形成主体功能区,统筹考虑各区域的资源环境承载能力、开发强度和发展潜力,把国土空间划分为优化、重点、限制和禁止开发四类主体功能区,针对各区在发展和布局中的不同功能和地位,配套实施差别化的区域政策和绩效考核标准,形成规范、合理的空间开发结构。推进形成主体功能区战略的实施,需要制定并落实科学、切实可行的分类区域政策,而区域政策工具是区域政策顺利实施并发挥作用的有效手段。在各主体功能区推行分类政策时,一方面,应根据各个主体功能区的主体功能定位和政策取向,选用不同的区域政策工具；另一方面,为了避免不同区域政策工具之间可能出现的矛盾冲突,应选择运用基金工具,以达到协调区域政策工具、克服矛盾效应的目的。本文在明确各主体功能区特征功能定位的基础上,系统分析了各个主体功能区分类政策的取向,并根据区域财政、投资、产业、人口和环境政策的目标,选取并组合区域政策工具。接下来,重点分析了欧盟运用区域政策工具及基金工具解决区域问题的做法,并提出了对我国主体功能区分类政策工具和基金工具的启示。最后,分析了基金工具的作用范围、资金来源和近期运作模式,并提出了我国运用基金工具的政策建议。