辣椒种质资源研究对扩展辣椒基因库的遗传多样性、拓宽辣椒遗传基础，以及对辣椒种质材料的收集、鉴定、创新、合理利用等具有重要意义。　　 本研究结合形态学标记和分子标记对45个辣椒品种(系)进行综合评价，主要结论如下：　　 一、45个辣椒品种(系)表型性状的平均变异系数为40％，平均多样性信息指数为5.61，证明本试验所采用的材料表型性状差异较为丰富，45个辣椒品种(系)相互间的遗传距离介于3.14-11.44之间，证明所选实验材料遗传多样性较丰富。　　 二、依据果型、果色、果长、株高、株幅、主茎高度等主要表观性状，在聚类分析中欧氏距离为3.14时可将45份材料划分为9类。　　 三、主分量分析结果显示前三个主成分的累积方差贡献率为53.97％,第一主成分反映的主要是果实大小、叶片的大小、植株的大小等数量性状特征。第二主成分主要描述的是不同器官的颜色这一质量性状的特征。第三主成分描述的主要是果实的质量性状。　　 四、从51对引物中筛选出28对用于SSR分析，共得到95条带，片段大小介于150bp-300bp，其中80条表现出多态性，多态性比例为84.11％。每条引物扩增出的条带数介于2-5条之间，平均每对引物得到3.56条带。基于SSR标记，45个品种(系)之间的遗传相似系数介于0.61-0.93，说明供试材料相互间遗传差异度较大，在遗传相似系数为0.79时将45份材料分为6类。　　 五、所构建的分子主效应图结果与SSR聚类结果基本一致。组群间的遗传距离相对较远，各组群内的材料相对分散，说明这些品种之间的遗传距离较大，遗传基础较宽，即如果用于杂交配组本试验所选用的材料有较大的选配空间。　　 六、两种标记方法都证实长椒与圆锥椒之间具有较近的亲缘关系。两种聚类方法中材料38、44都被单独划归为一类并且与其它材料间有较大的距离。材料44来自于新疆，比较而言其总体表型差异较其它材料最为显著。　　 七、分子标记和形态学标记结果可以在一定程度上相互验证，研究表明分子标记是开展辣椒资源遗传亲缘关系分析的有力手段，同时也为辣椒资源的开发利用，特别是杂种优势的开发利用提供了重要的参考。