近年来，特别是ISM规则实施以来，水上安全系统的管理子系统的得到了航运界的广泛重视，但由于种种原因对水上安全监督管理主管机关的系统深入的研究工作还相当不足。本文是交通部“水上交通安全对策研究”课题的子课题，通过运用管理学、组织学、系统理论对水上安全监督管理系统的深入分析，针对水上安全监督管理系统的管理水平，提出了水上安全监督管理系统素质水平、水上安全监督管理系统功能实现状况、水上安全监督系统管理效果三维概念。运用AHP系统分析工具和模糊综合评估数学工具，建立了水上安全管理系统素质水平评估模型，综合评估水上安全监督管理系统的素质水平。从而挖掘对水上安全监督管理起关键作用的因素，以便为主管机关行为和决策提供科学的依据。本文还从理论上探讨了水上安全监督管理系统的绩效评估模型的建立，希望为日后的研究工作奠定一点理论基础。