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从四川广元、达州、广安、遂宁、眉山、内江、泸州、自贡、攀枝花、凉山州等地的47个县(区)的大豆根瘤菌中分离得到171株大豆根瘤菌,采用16S rDNA PCR-RFLP、ERIC-PCR及代表菌株的16S rDNA、recA、atpD、glnⅡ、nodC和nifH序列分析方法对其进行了遗传多样性及系统发育研究。16S rDNA PCR-RFLP分析结果表明,171株待测菌株共产生了39种16S rDNA酶切组合类型,其中有27种为快生根瘤菌,其余12种为慢生根瘤菌。组合类型为19的慢生根瘤菌有58株,所占比例最大,其次是组合类型为3的快生根瘤菌,共34株。ERIC-PCR指纹图谱分析显示,快生大豆根瘤菌产生了60种遗传类型,在约80%相似水平,划分出A1-A18共18个类群。优势群A1中约71%(20株)的菌株的16S rDNA PCR-RFLP遗传类型为type3,群A10也有9株为type3。慢生大豆根瘤菌遗传类型同样有60种,在78%左右的相似水平所有慢生根瘤菌大致分为B1-B8八大类群。B1-B8均含有16S rDNA PCR-RFLP分析结果为type 19的菌株,其中B2涉及最多(29株),并且B1、B5和B6中所有菌株都属于type19。结合16S rDNA PCR-RFLP和ERIC-PCR分析结果,选出74个代表菌株进行16S rDNA、持家基因(recA、atpD、glnlD和共生基因(nodC, nifH)系统发育研究。16S rDNA分析结果显示,所有代表菌株分别为Sinorhizobium(21株)、Rhizobium(9株)、Agrobacterium(8株)、Aurantimona(4株)、Ochrobactrum(1株)、Klebsiella(1株)和Bradyrhizobium(30株)。持家基因recA、atpD和glnll系统发育分析结果与16S rDNA有较好的一致性,但也存在一定的差异,如s96、s152、s163在16S rDNA系统发育树中与R.tibeticum CCBAU85039聚在一起,但在recA、atpD和glnll系统发育树中均与参比菌株分离,因此这三个菌株很可能是潜在的新种。为了进一步确定菌株分类地位,将recA、atpD和glnll进行了合并分析(MLSA)。MLS A分析结果表明,MLSA的系统发育树比单个基因的系统发育树更稳定,如S.fredii、S. xinjiangense等在16S rDNA和atpD系统发育分析中难以区别的菌株,在MLSA中都被很好地分开。共生基因nodC和nifH系统发育分析显示,供试菌株在属水平上和其他基因分析结果保持一致,但也有明显的差异,如快生大豆根瘤菌nodC和nifH系统发育树中Sinorhizobium分支上所有供试菌株与S. saheli、S. fredii、S. sojae的参比菌株相似性均为100%。可能是不同根瘤菌的共生基因之间也可通过横向转移的方式由一个菌转移到另一个菌,导致尽管一些根瘤菌的遗传背景不同,但它们都有相同或相似的共生基因。综合几种方法分析结果,四川大豆根瘤菌遗传多样性非常丰富,优势属为Bradyrhizobium(82株),其次为Sinorhizobium(53株)。代表菌株系统发育分析结果显示,有12株为B. japonicum,14株为B. diazoefficiens,但有部分B. japonicum的代表菌株和B. diazoefficiens的代表菌株有着相同的16S rDNA RFLP遗传类型。如代表菌株s10和s8分别为B. japonicum和B. diazoefficiens,但它们16S rDNA RFLP遗传类型都是19。因此,本研究结果表明四川大豆根瘤菌的优势种为S.fredii(47株),要确定所有位于Bradyrhizobium内供试菌株的分类地位还应对其余非代表菌株进行测序及系统发育分析。