为了推进中国-东盟自贸区的建设，中国和东盟做了许多努力，对农产品实行关税减免。其中2003年的《中泰果蔬贸易零关税协议》是中国和东盟农产品贸易零关税的起点。本文以自贸区的历史进程为线索，以数据为依据，通过中国对东盟的农产品对外贸易额、贸易国别和贸易结构三个指标描述2003年以来中国-东盟的农产品贸易状况。然后运用区域显性比较优势指数（RRCA）对中国和东盟的农产品比较优势和竞争力进行实证分析。最后结合国际政治经济学理论对中国-东盟农产品贸易的经济政治因素进行理论分析。经研究发现，2003年来中国对东盟的农产品贸易额不断增长，但逆差也在加大。这是因为与马来西亚、印尼、泰国和越南等东盟农业国相比，中国的农产品处于比较劣势，形成了“进口多，出口少”的局面。中国从东盟进口的农产品主要是东盟国家具有比较优势的动植物油脂及蜡、热带蔬菜和水果；对东盟出口的主要是中国具有比较优势的温带蔬菜和水果、水产品及肉类。中国的温带农产品和东盟的热带农产品存在互补性，且农产品贸易作为中国-东盟全面经济合作的重要环节，有利于制造业贸易，这解释了中国-东盟农产品贸易零关税的经济动因；农产品贸易有利于东盟的大国均衡战略，也有利于中国的地缘政治安全和粮食安全，这解释了中国-东盟农产品贸易的政治动因。但农产品市场的开放也会对中国和东盟的弱势产品造成冲击，出于这一经济考虑，中国和东盟各国政府亦运用政治手段对国内农产品实施保护。