自17世纪60年代至20世纪的工业革命时代,再到21世纪以来的知识经济时代,创新无疑是促进经济发展和社会进步的重要力量。在当今时代,创新能力是衡量企业整体实力和国家综合实力的重要标志。自主创新强调独立然后把握科技主动权,谁能够在科技领域领先一步,谁就能占据科学技术的制高点。我国正处在实现中华民族伟大复兴的关键节点上,只有紧紧把握住创新这一时代的机遇,实现新旧动能的转换,才能够实现伟大复兴的中国梦。2019年,我国由于科技创新带来的经济贡献率已经接近60%,但是与世界其他创新强国相比,创新能力仍然不足,像美国为代表的西方国家科技创新对经济增长的推动占比已经超过80%甚至90%以上,故我国的科技创新实力与美国为代表的发达国家之间还有一定的差距。高新技术企业这一国家为满足自主创新需求的时代产物,从上个世纪80年代到现在的三十多年间在高新技术领域发挥出了巨大的示范引领作用,国家对其的税收鼓励政策也由最初的局部性向着全面性完善。与此同时,我国的高新技术企业也面临着众多问题,认定政策不合理、直接税与间接税配合不足、地区之间发展不平衡等,不利于我国高新技术企业自主创新能力的进一步提升。税收政策作为国家调控宏观经济的重要工具之一,对高新技术企业自主创新能力的提升具有很大的促进作用,但是也存在着诸多不合理的地方。本文在对国内外文献关于创新的税收政策研究的基础上进行自己的分析。首先,要解决税收政策如何对高新技术企业自主创新产生影响的问题,即要把二者之间的理论基础和作用机理弄清,通过公共产品理论等理论和技术路线图来解决。其次,要解决目前的税收政策与高新技术企业的自主创新状况是怎样的,二者存在着什么样的问题,又存在着什么样的关系,通过现状分析和实证分析来解决。目前我国的税收政策存在着政策缺失、优惠力度不强等问题。最后结合以美国为代表的发达国家的经验,提出解决我国税收政策实际问题的对策。本文创新性的加入了优化高新技术企业认定方式、制定风险准备金相关税收扣除政策和促进自主创新效率的税收差异政策。另外还从提高税收政策的立法层级、发挥增值税等间接税税收政策等方面提出了对策建议。