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目的:B7家族成员被鉴定为免疫反应的共刺激因子或共抑制剂,B7蛋白家族不仅结合相应受体所产生的信号在调节T细胞活化及效应性细胞因子分泌中起重要作用,还对免疫应答的适度进行、防止自身免疫疾病的发生起着不可或缺的作用。然而,到目前为止,B7家族成员在STAD(Stomach adenocarcinoma,胃癌)(STAD)中的异常调节情况尚不清楚。因此,进一步研究这些分子在胃癌的生物学作用将有助于更好的理解T细胞活化异常所致疾病的发病机制,并可为肿瘤免疫治疗思路提供新的方向。在这项研究当中,我们利用生物信息学方法探讨了B7家族在胃癌中的基因表达水平差异变化,以及其表达量水平与胃癌各临床病理参数之间的关系。除此之外,我们对B7家族的差异蛋白进行了京都基因和基因组百科全书(KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书))富集分析和基因本体论(GO(Gene Ontology,基因本体论))基因本体分析,最终确定一个下游靶点并进行深入分析。除此之外,我们还结合了相关临床组织样本分析B7家族成员在胃癌患者中的表达差异情况,并探讨其在肿瘤免疫治疗中的临床意义。
方法:样本转录组数据来自癌症基因图谱(TCGA(The Cancer Genome Atlas,癌症基因图谱))和基因型-组织表达(GTEX(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达))数据库,其中包括373个胃癌组织样本和205个正常样本。另外,临床随访数据可由TCGA数据库获得。我们在cBioPortal数据库中分析了B7家族成员在胃癌中的突变情况,B7家族成员表达量与DNA甲基化、拷贝数之间的关系以及受B7家族成员影响的蛋白质。另外,我们还使用GraphPad Prism7、SPSS22.0等软件用于数据统计分析。除此之外,注释、可视化和整合发现的数据库(DAVID(the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,注释、可视化和整合发现的数据库数据库)还可用于研究《京都基因和基因组百科全书》(KEGG)的信号通路和富集和基因本体论(GO的富集分析),我们利用这个工具分别用于分析了B7家族成员下游信号传导途径和重要的代谢过程。同时,我们在STRING数据库和Cytoscape软件中进行了蛋白互作网络分析,且统计计算和统计制图的工具R语言用于确定与下游蛋白的相关性。最后,我们利用160对胃癌患者标本的组织芯片,通过免疫组化分析检测了7个B7家族成员的表达水平。
结果:生物信息学分析表明,胃癌中B7家族功能表达异常。DNA甲基化和拷贝数变异可能都与胃癌的B7成员表达量异常相关。更重要的是,B7-H6基因表达量的高表达与患者总体生存良好显著相关。除此之外,B7家族成员主要影响胃癌中EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路靶向阻断信号通路,而TP53很有可能是该家族的重要靶标。我们进一步通过IHC免疫组织化学(IHC(Immunohistochemistry,免疫组织化学))染色证实了B7-1基因在胃癌中低表达和B7-H3,B7-H7基因高表达。
结论:我们的研究结果揭示了多数B7家族成员在胃癌中表达情况异常表达,发现B7家族可能通过EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路在胃癌中发挥效应。除此之外,B7-H6基因的表达水平对胃癌患者的生存有重要影响,这都强调了B7家族成员在胃癌发生发展中的重要性,且这可能有助于设计未来的癌症治疗方案。
方法:样本转录组数据来自癌症基因图谱(TCGA(The Cancer Genome Atlas,癌症基因图谱))和基因型-组织表达(GTEX(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达))数据库,其中包括373个胃癌组织样本和205个正常样本。另外,临床随访数据可由TCGA数据库获得。我们在cBioPortal数据库中分析了B7家族成员在胃癌中的突变情况,B7家族成员表达量与DNA甲基化、拷贝数之间的关系以及受B7家族成员影响的蛋白质。另外,我们还使用GraphPad Prism7、SPSS22.0等软件用于数据统计分析。除此之外,注释、可视化和整合发现的数据库(DAVID(the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,注释、可视化和整合发现的数据库数据库)还可用于研究《京都基因和基因组百科全书》(KEGG)的信号通路和富集和基因本体论(GO的富集分析),我们利用这个工具分别用于分析了B7家族成员下游信号传导途径和重要的代谢过程。同时,我们在STRING数据库和Cytoscape软件中进行了蛋白互作网络分析,且统计计算和统计制图的工具R语言用于确定与下游蛋白的相关性。最后,我们利用160对胃癌患者标本的组织芯片,通过免疫组化分析检测了7个B7家族成员的表达水平。
结果:生物信息学分析表明,胃癌中B7家族功能表达异常。DNA甲基化和拷贝数变异可能都与胃癌的B7成员表达量异常相关。更重要的是,B7-H6基因表达量的高表达与患者总体生存良好显著相关。除此之外,B7家族成员主要影响胃癌中EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路靶向阻断信号通路,而TP53很有可能是该家族的重要靶标。我们进一步通过IHC免疫组织化学(IHC(Immunohistochemistry,免疫组织化学))染色证实了B7-1基因在胃癌中低表达和B7-H3,B7-H7基因高表达。
结论:我们的研究结果揭示了多数B7家族成员在胃癌中表达情况异常表达,发现B7家族可能通过EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路在胃癌中发挥效应。除此之外,B7-H6基因的表达水平对胃癌患者的生存有重要影响,这都强调了B7家族成员在胃癌发生发展中的重要性,且这可能有助于设计未来的癌症治疗方案。