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本研究从广东湛江、清远和山西太原3个地区分离出13株猪瘟阳性毒株，选择基因分型最可靠的NS5B区域，设计一对扩增片段大小为965bp的引物。基因相似性分析表明，同一地区分离的毒株相似性高，可达99.7%。猪瘟分离株与基因2型参考野毒株（HQ148063）序列相似性最高（95.8%），与3型猪瘟毒株(L49347)相似性最低（84.3%）。CSFV分离株与基因2型参考野毒株(HQ148063)基因推导的氨基酸相似性最高（95.7%），与基因3型参考野毒株(L49347)氨基酸相似性最低（84.0%）。遗传进化分析中，本研究中分离的猪瘟毒株均属于基因2型。为建立一种简便快速鉴别猪瘟野毒与疫苗弱毒的分子诊断方法，本研究基于HRM检测技术对临床样本进行了PCR-HRM分析。参考NCBI中收入的29株野毒株与9株疫苗株基因序列进行多序列比对分析和在线模拟筛选，在3′UTR区设计一对扩增片段大小为200bp左右的引物。分别以猪瘟分离株和兔化弱毒疫苗株的mRNA为模板，在反应前加入LC饱和荧光染料进行RT-PCR扩增，并对扩增产物进行HRM分析。HRM曲线图显示两种毒株在70℃-90℃温度范围内均有两个熔解峰Tm1和Tm2，弱毒疫苗株两个Tm差值即Tm均大于野毒株Tm（P<0.01），据Tm值差异即可分辨出猪瘟野毒株和疫苗株。特异性试验表明本引物未能扩增出BVDV、PEDV、TGEV、PRRSV、PRV和PCV阳性样品；敏感性试验中PCR-HRM方法检测的最低拷贝浓度为83.4拷贝/μL。比较几种动物疫病病原（猪瘟病毒、禽白血病病毒、鸡艾美耳球虫株）不同扩增片段（202bp、450bp、573bp和965bp）、不同荧光染料（LC green、SYTO9和SYBRGreenⅠ）和不同仪器（（LightScanner96(Idaho)、LightCycler480(Roche)和Rotor-GeneQ(Qiagen)）在HRM基因分型上的异同。实验结果表明，利用HRM技术对病原体进行分型时，不同扩增片段和不同性质荧光染料对其分型结果影响较高：拥有多个熔解区间的核酸序列比单独1个SNP位点特异性高，更适合于分型；核酸相邻熔解区间Tm差值影响实际HRM分型结果；饱和荧光染料（LC Green和SYTO9）比非饱和染料（SYBRGreenⅠ）分辨率更高，更适合用于HRM分析，并且不同浓度荧光染料对Tm值有一定的影响。