伴随着我国经济社会的快速发展,地方政府手中可支配的财力逐年增加,投资已经成为地方政府用以宏观调控、发展地区经济的重要手段。地方审计机关作为政府财政资金的监督机构,目前正尝试对政府投资项目实施跟踪审计,以便更好的规范政府投资行为。但目前大部分地方政府投资项目跟踪审计还处于起步阶段,审计机关在具体实践过程中仍面临许多困境与疑惑,影响了跟踪审计的质量与效果。本文以受托经济责任理论、审计免疫系统理论及协同理论为基础,结合案例分析跟踪审计实践中存在问题及其成因,提出审计机关下一步应探索建立统一的跟踪审计操作规范、加强跟踪审计队伍建设、强化跟踪审计协审机构管理、创新跟踪审计业绩评价机制。通过健全制度规范,加强人才培养,完善管理机制,保证跟踪审计独立性,促进跟踪审计职能合理、有效发挥,实现开展跟踪审计工作的根本目的。