上市公司收购中的中小股东权益保护是现代公司制度中最为重要的基本问题之一。在上市公司收购中,有效的保护中小股东权益,不仅能够保证公司的健康发展和广大投资者的投资热情,而且是证券资本市场稳定发展的关键。因此,上市公司收购中的中小股东利益保护一直为各国政府所重视。随着公司股权结构的日益分散,公司中小股东的数量也日益增多,但因为其持股比例过小,在资本多数决的制度下,其意志在公司决策中根本就得不到体现,实践中,收购人和控股股东侵害中小股东的情况不断发生。因此,上市公司收购中中小股东利益保护问题越来越受到社会的关注。我国在上市公司收购过程中,对中小股东的利益保护机制尚不健全。过去,《公司法》是为了适应国有公司的改制而制定的,其中对于股东权益方面关注不够,对于股东表决权以及股东诉权和民事赔偿的具体操作方面没有给出明确的规范。所以,在市场快速发展的同时,相关的法律体系不能够给与相应的支持和保护,这对于我国在上市公司收购中的中小股东利益保护的法律体系的建设提出了要求。所以,应在结合我国市场发展的实际情况的基础上,借鉴国外的先进的立法和具体操作经验,建立和完善我国上市公司收购中的中小股东利益保护制度。首先应完善上市公司收购中对中小股东权益的立法保护,分别从充分的信息披露制度、强制要约收购制度、股东表决权排除制度、反收购过程中的立法规制和完善上市公司的治理方面加以论述。上市公司收购信息披露制度目的也在于使投资者充分获得信息,避免因为证券市场信息不对称造成目标公司的中小股东利益受损；关于强制要约收购制度,我国原《证券法》采用的是强制性全面要约收购方式,修订后的《证券法》增加了部分要约收购方式,这更有利于上市公司收购中目标公司的中小股东的权益保护；股东表决权排除制度,是股东表决权得以公正、自由行使的基本保障,其作用主要在于防止大股东利用持股优势,损害公司及其他股东的利益；我国现行法律在反收购制度上存在立法空白,非常不利于对目标公司的中小股东权益的保护,我国应吸收英国和美国模式可取之处,根据所涉标的及影响程度的不同,将反收购措施决策权分别授予股东大会和董事会；股东派生诉讼制度,不仅完善和增加了中小股东的各项权利,而且还赋予中小股东采取司法救济的可能,但是在施行过程中仍然缺乏一定可操作性,具体实施方面仍存在的不足和需要改进与完善之处。从完善上市公司的治理结构角度出发来阐述我国上市公司收购中目标公司的中小股东权益的保护,是解决上市公司收购中目标公司中小股东利益保护的最有效、最根本的办法。其次应适度加强我国上市公司收购中目标公司的中小股东权益保护收购监管。鼓励上市公司收购并不意味着规范的问题变得不重要了,所以要给予必要的监管,以保护目标公司的中小股东的合法权益。最后应强化上市公司收购中对中小股东权益的司法救济,主要从完善中小股东的诉权和完善民事赔偿机制两方面加以论述。新修订的《公司法》的规定有了较大的进步但仍然缺乏一定可操作性,具体实施方面仍存在的不足和需要改进与完善之处。第一,从立法方面应加强对股东诉讼的实体和程序方面的完善,第二,应制定相应的司法解释,加强实际中具体规定的可操作性。第三,需要提高司法人员的水平,改善整个社会的司法环境。