我国农民专业合作社开始于20世纪,规范发展于2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》实施之后。作为一种新型合作组织,农民专业合作社有效克服了家庭经营存在的弊端,如生产规模小、组织化程度低、竞争力不足等问题,有利于整合农村资源、加快农村发展、促进农民增收,有利于脱贫攻坚、全面实现小康社会。农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上,同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者,自愿联合、民主管理的互助性经济组织。它的出现是市场经济的产物,在破解“三农”问题中发挥了重要作用。然而由于市场经济自发性、盲目性和滞后性的缺陷,容易导致供求平衡、资源浪费。政府有必要在充分尊重市场规律、发挥市场在配置资源决定性作用的基础上,切实加强宏观调控,确保公平公正的竞争环境,以消除制度供给不足,促进经济社会又好又快发展。我国政府陆续出台了一些促进农民专业合作社发展的扶持政策,取得了一定成效。作为农业大市,菏泽市把加强农民专业合作社建设摆在更加突出的位置,因势利导,采取有效措施,发展成效显著。作为税务部门,日常征收管理过程中,既要严格落实各项税收优化政策,又要堵塞管理漏洞,避免税收执法风险。认真研究这一问题,对于提升管理水平、和谐征纳关系、促进专门专业合作社规范发展具有较强的现实意义。本文采用文献研究、实证分析、定量分析、定性分析等方法,结合菏泽市农民专业合作社发展现状及特点,在对国内外研究成果进行综述的基础上,深刻剖析了农民专业合作社税收管理与服务存在的问题,主要有三个大的方面,分别是税收政策不完善、税收管理不到位、税收服务不深入。本文对这三个大的方面分别进行了阐述。为进一步引导依法诚信纳税,提高纳税遵从度,本文最后针对出现的问题,紧紧围绕如何加强农民专业合作社税收管理和服务,在国家政策层面、税务机关层面、合作社层面提出了相应的对策,以期对解决相关问题有所裨益。如理顺现有管理体制,建立联席会议制度;厘清和完善概念,提高政策的精准度;多措并举,强化政府扶持力度;强化日常管理,堵塞征管漏洞;加强考核,严格落实税收优惠政策;更新服务理念,优化税收服务;推进服务创新,提升宣传辅导质效;加强内部管理,促进规范化发展;注重品牌建设,提升核心竞争力;拥抱“互联网+”,补齐发展短板等。