近年高校的经济活动较以前计划经济条件下更加复杂和多样化，高校资金在进行教学、科研之余，还运用在了教学建设、采购物资、后勤保障等方面。高校开始拥有越来越多的自主权，高校逐步成为“自主办学、独立经营、自我约束、自我发展”的法人办学实体，这样一种全新的形势要求将市场机制和财务风险引入高校，然而，与国外不同，我国高校财务管理体制更多是延用了行政体制，大部分高校管理人员都没有认识到高校财务内部控制的重要性。近年来，因财务管理有漏洞，全国很多高校出现了许多财务方面的问题。H高校作为一所地方高校，其内部控制制度还处于初级阶段，并不健全，存在着方方面面的问题。包括H高校在内的全国高校迫切需要在财务管理中引入企业的内部控制机制和制度，运用《中华人民共和国会计法》、《行政事业单位内部控制规范》等法律法规,完善财务内部控制制度，以适应当前高校发展的新情况，使高校的资金筹集和使用更加安全、平稳和高效。
　　本文首先介绍了高等学校内部控制制度的相关理论，包括内部控制的原理、内部控制制度的目标、原则和方法，财务内部控制的目标、原则和方式，高等学校财务内部控制的概念、作用、目标和基本内容。接着以H高校财务内部控制的现状为实例，分析了其财务内部控制存在的问题，包括财务管理观念和内部控制的观念淡薄，管理体制不顺畅，组织与制度建设不完善，预算管理不完善，风险控制措施欠缺，信息与沟通不流畅，缺乏有效的内部控制监督。介绍了国外大学财务内部控制先进之处,在财务内部控制制度方面值得国内高校学习和借鉴之处。制定了实施H高校财务内部控制的方法，包括提高财务内部控制意识，完善财务管理的领导体制，建立健全财务内部控制规章制度，建立总会计师制度，加强财务人员的业务培训，科学配置资产，强化预算管理，建立财务风险管理系统，加强财务信息公开，加强财务内部监督。
　　高校财务内部控制不仅有着理论意义，更有着实际意义。应当充分认识到财务内部控制的重要性，强化财务内部控制观念，降低财务风险，从而提高高校的办学效益，增强竞争力。