2016年6月,中国开始正式实施新三板分层制度,首批仅有953家公司入选新三板创新层,可以说创新层的企业是整个新三板挂牌企业的代表,而股权融资正是新三板市场中小企业最主要的融资方式,为了解新三板市场中小企业股权融资的效率,可以研究新三板创新层企业股权融资效率。本文从新三板创新层中选择一家公司进行深入分析,在梳理总结了前人的研究成果基础之上,对股权融资效率进行界定,确定了本文是利用融资成本、资金利用率、资金使用自由度及融资主体自由度几个维度评价企业股权融资效率,分析新三板市场创新层企业股权融资效率的变化情况。研究结果表明,分层制度实施后,创新层企业股权融资效率得到显著提高。同时,本文选取同行业基础层企业徽电科技进行对比分析,探讨分层制度建设对新三板市场股权融资效率的影响,发现分层制度对基础层企业的股权融资效率同样产生了积极影响,但创新层企业股权融资效率的改善相比基础层企业较为明显。最后为完善我国新三板分层制度、丰富我国多层次资本市场提出政策建议,以期提高新三板挂牌公司的股权融资效率。