农业专项资金绩效审计工作在实际中具有不可估量的作用,它不仅有利于引导政府制定科学合理的农村投资规划、对农业专项资金合理分配、促进农业专项资金高效使用,同时也能为政府部门科学决策提供理论基础,通过对吉林省农业资金绩效审计现状及情况调研,也能更加直观地了解吉林省地方绩效的内容及核心,对其绩效审计水平进行评估,为新农村建设提供参考。本文遵循“发现问题--分析原因--比较经验--提出对策”的基本思路,并运用文献研究和比较分析等方法,探讨了绩效审计在吉林省松原市扶余市更新乡(后文均简称为“更新乡”)的基础设施专项资金的具体实践。通过文献的梳理,笔者发现我国学者在涉农方面的专项资金审计分析较晚,还不成熟,本文创新性的以更新乡涉农专项建设绩效管理为研究切入点,在全面了解更新乡专项资金绩效审计现状的基础上,总结和提出对吉林省农业相关资金绩效审计在法律支撑、人才素质、审计标准、审计制度等方面存在的主要问题。此外,本文通过对吉林省地方农业资金本文针对更新乡基础建设项目专项资金绩效审计案例,深入分析了吉林省涉农专项资金审计存在的主要突出矛盾,主要从法律、审计能力、审计评价标准及审计体制等四个方面进行了阐述;并结合吉林省现状,梳理问题产生的根源,主要有审计标准不统一、审计能力落后、审计地位及审计机关独立性等。最后借鉴发达国家和我国南方发达省份的实际经验和做法,提出在法律体系建设、审计队伍建设、审计评价体系以及绩效评估模式等对策与建议,希望对更新乡基础建设项目专项资金绩效审计工作乃至吉林省涉农专项资金审计工作有一定的积极意义。