淡水浮游细菌群落的多样性尚未被大量研究，尽管它们在食物网和碳及相关元素的循环中都起着主要的作用。为了探究富营养化水体蓝藻水华前后浮游菌群结构的变化，使用16S rDNA克隆文库法分析研究了太湖梅梁湾2004年3月（未发生水华时）、5月（水华前期）、7月（水华暴发期）和9月（水华末期）表层水样中细菌组成的变化，四个克隆文库中共有396个克隆子，归为160个分类单元（OUT），它们主要属于淡水环境中常见的细菌类群，如Proteobacteria，Actinobacteria和Bacteroidetes。克隆子的丰度和均度与已被研究的其它淡水浮游细菌的克隆文库相似，说明所研究的富营养化水体中与其它水生生态系统中的细菌群落一样，都是十分多样的。水华前后的菌群结构存在明显差异，特别是最优势的细菌发生了很大变化。Bacteroidetes的丰度变化最为显著，从3月的43％递减至9月的2％，Actinobacteria始终是水样中的优势细菌，最高峰出现在5月，其数量占了43％，进入水华暴发期后（7月和9月），水样中的细菌类群的分布趋于平均。此外，在水华暴发期和水华末期的细菌组成更为多样，相比之下，未发生水华时与水华前期的细菌组成较为简单，比前者少了5～7个类群。同相关研究比较发现，α、β-Proteobacteria，Actinobacteria均为太湖中的常见菌群，其分布较为广泛；而γ-Proteobacteria和Firmicutes多出现于太湖的沉积物中，在水体中较少出现；属于Bacteroidetes这一类群的浮游细菌在水体中很丰富。所研究水域中发现的很多细菌的16S rRNA基因与出现在许多不同的淡水生境，包括国外贫营养湖、中营养湖和富营养湖中的细菌的系统发育关系密切，它们是全球分布的淡水细菌类群；还发现许多仅源于长江流域的新的类群，它们可能是该流域所特有的菌群；除了Bacteroidetes门的成员外，很少有与海洋中细菌相似的序列，证实了淡水环境与海洋中的浮游细菌群落的组成是有很大区别的。