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作为我国南方的主要栽培果树之一,荔枝在果树产业中占据重要地位。而荔枝上病虫害的频繁发生,给荔枝产业的健康发展带来严重的经济损失。然而,目前尚有许多病害的病原物尚不明确。通过对开放的转录组数据进行挖掘和分析,本研究在荔枝转录组数据中发现了一种小环状RNA分子,并对其分子生物学特征和发生分布情况进行了研究。主要结果如下:1.对NCBI上已经公布的转录组数据进行分析,在荔枝转录组数据中发现4条拼接序列(transcriptome shotgun assembly, TSA)中可能包含小环状RNA分子信息。进一步分析表明,该小环状RNA分子序列可能是苹果锈果类病毒属的序列。利用苹果锈果类病毒属的通用引物扩增获得200 bp的产物,所获序列与原始TSA拼接序列完全一致,从而证明该环状小RNA分子可能是一种类病毒的序列。2.设计背向引物,扩增获得该类病毒的全长为304nt,并且包含在TSA序列GBRI01043443内。序列多样性分析发现该类病毒有6个位点的碱基差异,序列相对保守。二级结构预测为棒状,符合马铃薯纺锤块茎类病毒科的二级结构特征,且保守结构域序列与苹果锈果类病毒属相似。因此,推测为该属类病毒,并将其暂时命名为荔枝类病毒(lychee viroid-like RNA, LVd-like RNA)。3.利用连续聚丙烯酰胺凝胶电泳和杂交验证LVd-like RNA的环状分子特性,同时证实其分子大小介于马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid,PSTVd)和啤酒花矮化类病毒(hop stuntviroid,HSVd)之间,且更接近 HSVd。4.系统发育分析发现,LVd-like RNA属于马铃薯纺锤块茎类病毒科苹果锈果类病毒属,与葡萄潜隐类病毒(Grapevine latent viroid, GLVd)的亲缘关系最近,其次是柑橘类病毒VI (Citrus viroid VI,CVd VI)。5.制备LVd-like RNA的全长探针,通过杂交检测调查其发生分布情况。调查的146份样品中,中国有71份样品,其中54份为阳性样品,阳性率达到76%;而在法国的75份样品中,未检测到阳性样品。制备包含LVd-like RNA的表达载体的农杆菌菌液和体外转录产物,用两种方式接种常规草本和木本植物,并在接种后2～4个月内进行分子生物学检测,均未获得阳性样品。以上结果表明,目前LVd-like RNA仅能从中国荔枝资源圃中检测到。6.以苹果锈果类病毒属的通用引物进行克隆PCR,测序后发现1个CVd VI克隆和7个柿子类病毒2 (Persimmon viroid 2, PVd 2)克隆,说明CVd VI和PVd 2也可能存在于荔枝样品中。用15%的非变性PAGE凝胶电泳分离由上述通用引物扩增获得的PCR产物,可以同时检测到三种病原物的存在,从而建立了同时检测CVdVI, PVd2和LVd-likeRNA的技术体系。在本研究中,通过分析TSA的序列和分子生物学特点证明小环状RNA分子本质是一种类病毒,命名为荔枝类病毒,同时发现CVd VI和PVd 2也可能存在于荔枝中,并建立了这三种病原物的检测体系。荔枝类病毒的发现为类病毒的研究提供了新的资源,同时为荔枝的病害诊断和研究提供理论借鉴。