中国的保税区是借鉴国际自由贸易区模式而设立的，是中国对外开放深化发展的产物。保税区的设立是中国行政管理制度、经济管理制度、行政管理运行方式的一种崭新的尝试，并取得了初步的成功。但在中国入世后，认真分析总结保税区的成功经验，及时发现保税区行政管理制度的不足，进行保税区行政管理制度的创新，对保税区的发展乃至中国的改革开放事业都将具有重大的现实意义和深远的历史意义。 大连保税区作为中国东北惟一的保税区，经过十几年的发展和建设，已初具规模，在全国15个保税区中排名前列，并在东北经济振兴中发挥越来越重要的作用。但随着保税区政策优势的逐渐弱化，大连保税区的发展也面临着挑战。大连保税区必须实现自由贸易区的转型，必须进行行政管理制度的改革与创新，参照国际上通行的自由贸易区的行政管理制度模式，按照市场经济的原则，建立符合中国实际的现代化的行政管理制度。 国内关于政府机构改革、行政管理制度创新的论著很多，但从保税区这一特殊的经济与行政区域结合起来探讨行政管理制度创新的并不多，也没有现成的经验的理论可借鉴。本文试从大连保税区的功能、政策、发展现状以及存在的问题，分析中国保税区向自由贸易区转型的必然。大连保税区现行的行政管理制度具有自身的特点，但从行政管理的效率与原则要求来看，大连保税区行政管理制度仍存在不足之处，需要按照行政管理制度理论的要求，从解决政府职能转变、机构设置、制度建设、职能行使方式、效率与公平、队伍建设等方面，创新行政管理制度，为向自由贸易区的转型提供良好的软环境保障。