豪猪状鱼鳞病一家系外显子组测序分析

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[目的]   1.描述一个豪猪状鱼鳞病家系的临床特点、组织病理。   2.检测该家系潜在致病基因情况。   [方法]   收集1个豪猪状鱼鳞病家系的临床资料,取先证者皮损进行组织病理检查。收集该家系1例患者和其父母外周血,提取基因组DNA,利用Agilent SureSelect外显子捕获技术结合新一代高通量测序平台Illumina Hiseq2000、生物信息学分析技术以及Sanger法排除假阳性结果等步骤,初步筛出候选基因。   [结果]   该家系三代共6人,其中1人发病。15岁男性患者出现全身性角化丘疹、斑块14年。体检发现全身弥漫性角化丘疹、斑块,以双膝关节、双胫前为甚。双手指甲出现裂隙及甲纵嵴、褐色变,增厚,脆性增加。皮损组织病理检查显示显著的角化过度,局部角化不全,棘层中上部散在角化不良细胞,真皮浅层血管周围中等密度淋巴细胞为主炎细胞浸润。   通过外显子测序我们得到每个样本大约3-3.3 Gb的数据。过滤掉不在外显子区域的单核苷酸变异体(SNV),落在外显子区域的3个标本中检测到单核苷酸变异体的数目分别为18529个(患者),18137个(父亲)和17821个(母亲),过滤掉公共数据库(dbSNP123和1000 Genome Project)的常见变异;过滤掉同义突变、实验的正常对照突变;利用软件SIFT预测突变对蛋白功能的影响进一步筛选,整合患者及其父母三者非共有的非同义突变共筛选出49个候选基因。   [结论]   外显子测序是对家族性鱼鳞病等罕见的遗传病进行致病基因筛查的一项有效手段。筛查出49个候选基因可能为豪猪状鱼鳞病的候选基因,但确切的致病基因有待证实。
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