随着社会人口老龄化加重,以及人们对自身保健意识增强,医药行业受到越来越多的关注,与此同时伴随着医药产业近些年的发展变化调整,医药企业间开展的并购重组等外部产权交易越来越多,对企业估值的依赖性越来越强。因此,选择合适的估值模型实现对医药企业的准确估值越来越重要。自由现金流贴现模型在现阶段企业价值估值方面是应用较为广泛的方法,在价值评估领域具有重要的地位。此外,虽然当前我国资本市场发展较快,但是由于制度的滞后性、投资者不理性行为等相关因素,我国A股市场在过去数十年,经历多次的“牛”“熊”市交替,市场波动较为频繁,故自由现金流贴现模型应用于调整变化期的医药企业的价值评估效果如何仍需进一步研究。本文在梳理相关文献的基础上,首先对企业价值的概念进行了介绍,并对自由现金流贴现模型的相关理论进行了概述。在分析医药产业特点的基础上,选取满足永续经营等条件的14家上市医药企业为样本估值企业。同时考虑到不同资本市场环境下对企业估值可能存在的差异,选择“牛”“熊”市代表不同资本环境,依据修正的BB法对股市周期进行划分并选取“牛”“熊”市不同的估值时点以对自由现金流贴现模型的结果进行对比分析。之后,本文利用样本企业披露的历年年报数据和模型所需其他参数完成对样本企业的估值,并对“牛”“熊”市不同的估值时点的估值结果进行相关性检验以及配对T检验。结果表明,当市场处于“牛”阶段,股票价值普遍高估,偏离内在价值较多,虽然从相关性检验来看,相关性较强,但配对T检验差异性显著,即“牛”市阶段自由现金流贴现模型估值与实际股价存在明显差异。当市场处于“熊”时,价值评估结果与实际市场表现无显著性差异,且相关性较强。之后文章对评估结果与实际股价存在的差异进行了分析,并在总结分析模型应用的基础上,对影响模型估值结果的现金流增长率、贴现率以及永续期增长率三个核心指标进行了敏感性研究。基于此,最后对文章进行了总结,并从投资者、管理者以及监管者三个角度出发,结合自由现金流贴现模型研究结论给出了相应的建议。