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侧耳属真菌种类繁多，与人类关系密切，是一种具有较高营养价值、重要经济价值和药用价值的食用、药用真菌，但菌种市场一直比较混乱，菌种管理相对滞后，同物异名或同种异物较多，不仅给生产环节带来不便，也给食用菌的科学研究和学术交流造成障碍。随着现代生物技术的发展，一些新的方法和技术不断出现，本研究利用LSU rDNA序列、ITS序列、SSR分子标记相结合的方式对侧耳属主要栽培菌株进行鉴定和遗传多样性分析，为该属真菌的生产利用与科学研究提供参考，有利于其种质资源的保护。采用PCR产物直接测序获得侧耳属54个菌株的ITS序列和核糖体DNA大亚基（LSU rDNA）序列，于GenBank中侧耳属的6个生物学种相关序列比对，得到除2个白灵侧耳（Pleurotus nebrodensis）菌株外的52个菌株与6个生物学种的系统发育树，结果表明：与ITS序列分析相比，LSU rDNA序列进行侧耳属物种的鉴定更方便、稳定、可靠。52个栽培的侧耳属菌株被分为两个种，即糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）与肺形侧耳（Pleurotus pulmonarius）。通过AFLP快速富集重复序列的方法构建侧耳属基因组微卫星富集文库，根据分离的微卫星DNA序列设计引物，结果筛选出18个多态性微卫星标记，共产生396个条带，建立系统发育树并进行遗传多样性分析，开发出侧耳属菌株鉴定和遗传分析的技术。结果表明：每对引物检测等位基因4-32个，SSR引物的PIC介于0.35到0.94，UPGMA方法聚类分析表明：供试材料间遗传相似系数变幅为0.755到0.9995，在80%的相似系数上，54个菌株分为3大类，包括糙皮侧耳、肺形侧耳和白灵侧耳。该结果和ITS与LSU rDNA序列鉴定一致。在系统发育树中同一个种不同菌株聚为同一个分支，为鉴定其种类，借助于出菇实验、拮抗实验和ISSR分子标记等方法，表明ACCC50618、ACCC50866和ACCC50915为同物异名菌株；ACCC50249与ACCC50476为同物异名菌株，其结果与SSR分析一致。为了测定侧耳属真菌附生菌与生态因子之间的相互关系，本研究河北寿县、天津蓟县和实验室菇房的白灵侧耳为材料，通过16SrDNA序列分析，对其附生菌多样性进行了分析。结果表明，附生菌主要由节杆菌属和假单胞菌属类群组成，且温度对附生菌的数量和组成具有一定的影响，出菇温度较高将导致附生菌多样性越丰富。该结果为探索通过人为手段或环境的控制来改变附生菌的种类、最大程度发挥有益生物自控作用、防治病害提供理论基础。