我国是玉米种植大国,玉米质量问题至关重要,为保证其质量,除了良好的品种之外,品种的真实性、纯度等问题也是不可忽略的。近年来,随着分子标记的广泛应用,玉米的真实性和纯度鉴定变得更为简单和准确。本研究以玉米全基因组重测序数据开发出的新的核基因组SSR标记以及叶绿体的InDel标记为基础,利用新的SSR标记建立多重PCR和电泳体系、构建DNA指纹数据库,便于高通量玉米的真实性和纯度鉴定,采用叶绿体InDel标记对玉米核基因组上无法鉴定的信息,比如玉米正反交的快速鉴定进行进一步补充。第一部分:Perfect SSR多重PCR体系建立及数据库的构建。本研究以玉米的重测序数据为基础开发并设计了一批SSR标记,根据染色体位置、扩增片段大下、荧光颜色等信息从111对新的SSR引物中挑选出适合组成多重PCR的40对新SSR引物。通过荧光定量PCR和琼脂糖凝胶电泳确定了多重PCR的最适DNA浓度及最适扩增条件,以24个代表性玉米品种为研究材料,其中包括目前推广面积较广的4套三联体材料和12个玉米骨干自交系,对40对新引物进行筛选和优化并从中最终挑选出32对引物,组建了4组8重PCR扩增,2组16重电泳,以此对95个国家审定的玉米杂交种进行小型DNA标准指纹数据库的建立。第二部分:根据玉米叶绿体InDel标记对玉米正反交的鉴定。玉米正反交种在某些性状方面表现有所不同,甚至在一些品种中对产量性状影响较大,以往正反交种的鉴定在材料和时间方面均具有一定的劣势。本文通过重测序数据对玉米叶绿体基因组InDel标记的侧翼序列进行引物开发,以叶片作为取样材料进行鉴定。结果表明CPMIDP01、CPMIDP03标记位点的检测效果良好,并能组成二重PCR,得到一种对玉米正反交杂交种的快速检测方法。此外,利用叶绿体InDel标记可将玉米骨干系分成三群,使用不同叶绿体类群间的骨干系组配出的杂交种,由于目前我国玉米育种主要为国内种质×国外种质模式,即可采用此方法进行正反交杂交种的鉴定。本方法可对核基因组的检测进行补充,广泛应用于玉米杂交种的正反交鉴定中,进一步完善玉米品种真实性和品系溯源信息。