实时荧光多重探针连接扩增技术检测脊髓性肌萎缩症和杜氏肌营养不良拷贝数变异的研究

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脊髓性肌萎缩症(Spinal Muscular Atrophy,SMA)和杜氏肌营养不良(Duchenne Muscular Dystrophies,DMD)是两种常见的遗传性疾病,严重者甚至致死,对于大多数的这两类病症尚无有效治疗手段。SMA在人群中有较高的携带率,尤其在中国患者携带率更是高达1/42,且目前的筛查方法参差不一;DMD在基因组DNA上跨越范围大,是迄今发现的最大的人类基因,具有极高的突变频率,且突变热区不尽相同。因此,对此两种疾病进行大规模人群筛查是降低发病率及提高人口质量的有利途径。目前,临床上常用的检测技术包括:变性高效液相色谱分析(Denaturing High Performance Liquid Chromatography,DHPLC)技术、多重链接依赖性探针扩增(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA)技术、实时荧光 PCR(Real-time Quantitative Polymerase Chain Reaction,qPCR)技术、下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术等。虽然现有的检测方法众多,但这些技术在检测成本、操作简便性、结果稳定性和特异性等方面存在缺陷,且对这两种病都是独立地筛查,耗时、耗力、通量低。本研究旨在建立一种新的可同时检测SMN1拷贝数和DMD突变热区拷贝数变异的MLPA/qPCR检测体系及数据分析体系,以满足临床上对SMA和DMD携带者筛查的需求,提高检测效率。研究内容主要分为MLPA/qPCR体系原理探讨、MLPA/qPCR检测体系建立、体系性能学评估、人群携带者筛查四个部分进行展开。为了研究MLPA/qPCR检测体系的性能,本研究通过考察多个反应因素对杂交连接体系和PCR体系的影响,建立了较优的反应体系,完善了数据分析处理方法。同时对107例已知SMN1拷贝数的临床样本和24例DMD突变热区拷贝数进行检测,结果显示出了该技术极高的灵敏性(SMA:100.0%,DMD:100.0%)、诊断特异性(SMA:100.0%,DMD:99.4%)和较好的重复性(CV=8.7%)。此外,我们运用MLPA/qPCR体系与MLPA技术对185例临床诊断不明的肌无力或肌萎缩表征患者的母亲进行筛查,取得了较高的临床灵敏度(SMA:100.0%,DMD:92.9%)和特异性(SMA:100.0%,DMD:99.4%),且得出中国大陆地区DMD基因6个外显子拷贝数变异热区占外显子拷贝数总变异类型的比例为39.4%。为了考察厦门地区SMA和DMD携带者比率,本研究对招募到的2962例拥有医保卡的本地常住居民运用MLPA/qPCR体系进行检测,发现本地区SMA携带者发病率为1/46,与文献记载相符(1/42),DMD携带者发病率为1/2022,与文献记载相近(1/2300)。充分说明了该技术在临床中同时筛查SMA和DMD人群携带者的简便易行性。本研究首次将实时荧光PCR技术和MLPA技术完美的整合在一起,提出了MLPA/qPCR技术。基于此技术,对SMA和DMD两种疾病同时、快速、准确、高通量地进行人群携带者的筛查,提高了诊断灵敏度和特异性,使得操作过程简单、成本低廉、快速高效。本研究不仅对于减少患儿的出生,提高人口素质具有十分重要的意义,且有望对脊髓性肌萎缩症与杜氏肌营养不良在人群中筛查携带者提供有力的技术手段。
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