集体土地既是农民最为基本的生存资料也是关乎国家战略安全的重要资源。然而,现实中却存在“权属不清”、“登记无序”等多种乱象。其中,土地承包经营权登记制度的不完善是导致该现象的重要原因之一。具体而言,我国现有的土地承包经营权登记制度存在登记行为性质及其效力不明确、审查方式不规范等诸多问题。本文以讨论集体土地承包经营权性质为立足点,并以当前国家的农村土地政策为背景,主要针对农村土地承包经营权所涉及的登记行为的性质、登记行为的审查方式、登记行为的效力和登记制度目的等基本理论和实践问题展开讨论,认为土地承包经营权登记行为性质不仅受土地承包经营权登记目的影响,同时需考虑土地承包经营权的性质,从而登记行为的审查方式也应当有所不同,进而得出登记效力有所差异的基本结论。本文以我国农村土地改革的“三权分置”思想为指导原则,以域外三大登记模式采用的审查方式以及登记行为的效力差异为借鉴考量,依据所有权、承包权和经营权三者对权利性质的差异对登记制度予以完善。依据登记行为在土地承包经营权登记在设立、流转阶段中与土地承包经营权关系的不同,认为针对集体土地所有权因为我国实行严格的土地保护政策,其登记理应由地方政府作最严格的四至丈量等实质审查方式,其作为国家对于集体所有权的确认,应当坚持“登记生效主义”原则;而家庭承包经营方式设立的土地承包权是基于承包人与集体经济组织存在人身依附关系为前提,因此登记可以采取形式性审查,而对以其他方式流转的登记采取严格的实质性审查;在土地承包经营权流转过程中,可依土地承包权与经营权分离与否,采取不同登记原则及审查方式,对于以转让方式流转经营权的登记,因牵扯本集体与他集体间等多方利益关系,应采取“登记生效主义”,以转包、出租、互换方式流转经营权的登记,因原承包关系未发生变更则采“登记对抗主义”即可,对于以入股、抵押的流转方式,因为其风险性且涉及农民的切身利益,应坚持严苛的“登记生效主义”原则。