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猕猴桃(Actinidia sp.)是我国重要的经济作物,已发现猕猴桃病毒病在我国有广泛的发生。为明确侵染猕猴桃的病毒种类及其分子生物学特性,本研究采用常规RT-PCR结合小RNA(sRNA)测序和RNA测序(RNA-seq)技术,对侵染猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)和一种新的长线型病毒科病毒进行了分子鉴定和分子特性研究,主要研究结果如下:1.2014-2015年,从湖北、云南、安徽、贵州、山东和福建6省份采集了 134株猕猴桃叶片样品,所收集样品多表现叶片褪绿斑驳、卷曲、花叶和脉黄等类似病毒病症状。采用CLBV特异性检测引物CLBV1F/CLBV5R进行该病毒的RT-PCR检测,17份样品的检测结果为阳性,平均检出率为12.7%,从中华猕猴桃、美味猕猴桃和其他杂交种或野生种上均检测到该病毒。2.设计了用于CLBV外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列扩增的引物,测定了 5个CLBV分离物的完整cp序列,全长均为1092核苷酸(nt),分离物间cp基因核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为83.2%-99.7%和91.9%-98.9%,这些分离物与新西兰报道的CLBV猕猴桃分离物M3-A核苷酸序列相似性仅为83%左右,与来源于柑橘及近缘种的CLBV分离物cp基因核序列苷酸相似性为84%-86%。在基于该病毒cp基因核苷酸序列的系统进化树中,本研究所测定的CLBV猕猴桃分离物与新西兰报道的除M3-A外的猕猴桃分离物聚在同一组群。3.测定了 CLBV分离物AH17的全基因组序列,由8797个核苷酸(nt)组成(不包含Poly A尾),基因组结构与已报道的CLBV分离物相同。包含3个开放阅读框(ORF1,2,3)、5’末端非翻译区(5’UTR,71 nt)和3’末端非翻译区(3’UTR,530 nt)。ORF1,2和3分别为5958nt,1089nt和1092nt,编码复制相关蛋白、运动蛋白和外壳蛋白。分离物AH17的ORF1、ORF2和ORF3的与已报道的来源于不同寄主的分离物的相应ORF的核苷酸序列相似性分别为77.9%-82.8%、78.0%-84.2%和84.6%-85%。4、采用sRNA测序及RNA-seq结合常规RT-PCR技术,从猕猴桃样品G4中鉴定出一种新病毒。获得了该病毒基因组的15766 nt序列(不包括5’和3’端约3000 nt的序列)。所获序列包含12个ORF,基因组结构具有长线型病毒科病毒的典型特点,编码RdRp、HSP70h、HSP90h、CPm和CP等已知功能蛋白和多个未知功能蛋白。编码蛋白氨基酸序列与柿子病毒B相对较最高,为12.3%-50.5%。在基于长线型病毒科病毒的RdRp、HSP70h、HSP90h、CPm和CP氨基酸序列系统进化树中,该病毒均与尚未划分到属的柿子病毒B和蓝莓病毒A(BVA)聚为一簇。根据该病毒基因组结构特点及系统进化关系,初步确定该病毒为长线型病毒科的一个新种,暂命名为猕猴桃长线形病毒A(Actinidia closterovirus A,ACVA)。5、根据所测定的长线形病毒的cp基因序列设计引物,采用RT-PCR对65份猕猴桃样品进行了 ACVA检测,结果显示,20份样品为ACVA阳性,检出率为30.8%。对来自15个样品的PCR产物进行了测序,扩增片段大小为375 bp,分离物之间的核苷酸和氨基酸序列相似性为81.6%-100%和91.2%-100%。