猪肉质性状的全基因组关联研究

被引量 : 0次 | 上传用户:PLMM1986
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
猪肉品质是猪的重要经济性状,也是现阶段种猪育种工作中的关键指标。近年来,随着高密度SNP芯片的不断出现和基因分型技术平台的不断发展,使对猪开展全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)研究成为现实。因此,本研究以大白猪×民猪F2设计资源群体的455头F2个体为研究对象,利用Illumina PorcineSNP60BeadChip(包含62,163个SNPs位点)技术,采用GRAMMAR-GC (Genome-wideRapid Association using the Mixed Model and Regression-Genomic Control)方法,使用DMU软件和R统计环境下的GenABEL软件包对猪背最长肌的IMF、肉色、嫩度、酸度、水分、失水率、瘦肉率、瘦肉量、后腿瘦肉量等共计9个性状的16个指标进行了GWAS分析,以寻找与猪肉质性状相关的遗传变异。主要实验结果如下:1、完成了对455头大白猪×民猪资源群体F2代个体的屠宰分割和16个猪肉质相关性状指标的准确测定与详细记录。描述性统计表明,各性状数据分布符合资源家系分离群体的特征。KF与NF间,WLR24、WLR48、WLR72相互间,IMF与MS,IMF与MC,L*与MS性状间均为高度相关,且均达到极显著水平(P <0.01)。2、利用GWAS研究,在IMF、大理石纹评分、水分含量、肉色评分、a*、后腿瘦肉量和瘦肉率共7个指标中检测到了基因组水平显著SNPs,显著位点个数依次分别为40、37、6、6、4、23和5个,其中达极显著水平位点数依次分别是27、27、5、1、3、12和2个;在肉色L*、b*、pH24、嫩度、失水率和瘦肉量性状未检测到与其相关的显著SNPs。3、根据芯片SNP序列信息,利用Sus scrofa Build9版本猪基因组数据库和NCBI数据库信息,对不同肉质性状显著SNPs位点进行注释发现:在IMF、MS、MC、CS、a*五个性状中共有45个SNPs与其1个或多个性状显著关联,且除9个未定位到染色体上SNPs外,其余36个显著位点均落在猪12号染色体上;与后腿瘦肉量和瘦肉率性状中1个或2个性状显著关联的SNPs共有24个,其中19个分布在猪2号染色体上。4、根据NCBI、Ensembl、KEGG、Uniprot、GeneCards等数据库信息,利用生物信息学和比较基因组学方法,对显著SNPs周围基因进行功能注释后发现,这些基因功能主要涉及DNA修复、转录调节和翻译调控,细胞骨架或基质成分,调节机体营养成分代谢和平衡,细胞增殖再生与凋亡,具有激酶活性,参与细胞信号转导和不同离子通道构成等8个方面。5、利用HAPLOVIEW3.1软件开展单倍型分析,结果表明,在12号染色体上存在2个与猪肉品质性状紧密相关的单倍型块,分别是由5个位点组成的约325Kb区域和由2个位点组成的0.99Kb区域。单倍型1中的AGAAG单倍型和CAGGA单倍型均同IMF、大理石纹、肉色a*和肉色评分性状显著关联(P <0.001)。利用单倍型分析在缩小重点研究区域范围的同时,单倍型块1中包含的GAS7, MYH1, MYH2, MYH3和MYH4共5个基因也被初步筛为肉质性状相关的重要候选基因。6、综合所有研究信息,MYH、SLC和GAS家族可作为猪肉质性状的重要候选基因或候选家族。
其他文献
幼儿园教育是学校教育的初始阶段,也是幼儿良好品德形成和发展的起始阶段,然而在农村的教育环境下,幼儿园德育活动在人力、物力、财力以及思想、知识、经验和信息等方面稍显欠缺
随着我国老龄化问题的凸显,单纯的依靠传统的家庭养老和薄弱的社会养老保障体制已不能保障老人正常的生活质量,养老问题变成了摆在政府和老百姓面前的一个难题。本文中的以房
近几年来,中国的消费环境发生了巨大的变化,消费者收入增长迅速,消费结构和能力得到持续改善,消费者日益注重产品质量和形象。中国市场企业间的竞争越来越激烈,单纯的价格战
一、研究背景脓毒症是由严重的感染、烧伤、创伤、休克、外科大手术等引发的一种全身性炎症反应综合症,也是诱发多器官功能衰竭(multiple organ system failure, MOSF)、脓毒
本文系统介绍了环形变压器从铁心设计制作至线包绕制的生产过程。从质量检验的角度分析铁心、变压器温升和技术要点。文中也作了与E形变顺的多方面对比
本论文首先介绍当前国际标准ISO16063-1:1998推行的正弦稳态校准方法,然后结合中国地震局工程力学研究所研制的低频标准振动计量系统,分析该系统在振动传感器动态指标校准上的
目的:1.通过研究大鼠脊髓损伤后自噬表达的情况及不同时间点表达变化,为脊髓损伤继发性损伤的研究提供新的思路。2.通过研究大鼠脊髓损伤后富氢水对于大鼠功能恢复的作用及脊髓组织的自噬表达影响,初步探讨富氢水治疗脊髓损伤的可能机制方法:选取清洁级SD雌性大鼠50只,体重(260±30)g,随机分成三组:假手术组10只,对照组20只,实验组20只。假手术组仅咬除T11-T12椎板,暴露但不损伤脊髓;对照组
油脂是人们的食物组成中的重要组成部分之一,它们是维持生命活动的备用能源,同时为人体带来某些必需脂肪酸和维生素。随着人们生活水平的提高,越来越多的人们开始选择摄取对健康
汉英温觉词(包括基本温觉词和由基本温觉词扩展而来的词语)内部的系统性比较强,考察其语义表现的异同可以帮助我们认识汉英两种语言语义引申的规律,同时有助于我们更好地理解
随着中国经济的持续快速发展和对外开放的不断深入,世界各国的汉语学习需求急剧增长,全球汉语教学与汉语推广工作也在火速进展。针对国别、地区开展研究分析,不仅有助于发现