鱼类的远缘杂交指的是不同种间、属间或亚科间鱼类的杂交,它能结合不同鱼的优势特征,从而扩大遗传变异并获得新的物种。人工远缘杂交的研究在生理学基础理论研究及水产育种方面具有重要的意义。对于远缘杂交所获得的子代的分子生物学研究能帮助理解远缘杂交过程中新物种相比于原始亲本的分子遗传状况。线粒体是真核生物的能量工厂,具有自己独特的遗传系统。线粒体基因组具有小型性、多态性和自主性等特点,适合于研究分子进化规律、物种起源及分化。5S r DNA是真核生物中一类高度保守的串联重复序列,对于生命功能及其重要,其NTS多态性已经成为一种合适的分子遗传标记来研究物种进化、种群分化和遗传多样性。本次研究中,我们对鲌鲂杂交品系的线粒体全基因组进行了测序,并利用生物信息学知识对它们进行了系统的结构及遗传特征的分析;此外,我们还对鲌鲂杂交品系及原始亲本翘嘴红鲌和团头鲂的5S r DNA进行了研究。本文的主要研究内容如下:1.对鲌鲂F1代、F2代及F3代的线粒体全基因组进行了测序,并利用各种生物信息学软件,系统地分析了它们的DNA分子结构、碱基组成、基因组成及排列等特点。鲌鲂F1代、F2代及F3代的线粒体全基因组长度分别为16619bp、16620bp、16620bp,世代之间不同,推测为种群间具有多态性引起,且相比于原始母本翘嘴红鲌的线粒体全基因组(16622bp)均存在不同程度的缺失,推测远缘杂交过程中出现了缺失现象。通过与原始亲本翘嘴红鲌及团头鲂的线粒体全基因组序列比较,我们发现鲌鲂杂交品系的线粒体全基因组均与原始母本翘嘴红鲌更相似,研究表明尽管经历了远缘杂交,杂交子代的线粒体DNA仍严格遵循母系遗传规律。2.系统地对鲌鲂杂交品系的线粒体全基因组进行了分析。其结构与其他脊椎动物的较为一致,包括2个非编码区(1个控制区和1个轻链复制起始区),2个r RNA基因,22个t RNA基因和13个蛋白编码基因。我们对其碱基组成、t RNA及r RNA的二级结构预测、编码蛋白质基因的密码子使用率进行了详细的分析,并通过与其他几种鱼类线粒体控制区的比较识别了控制区的3个保守区域和相关序列。我们将鲌鲂杂交品系及其原始亲本的线粒体全基因组,与8中鲌亚科其他鱼类,以及2种亚科外鱼类为外群构建了NJ系统树,系统树表明鲌鲂杂交品系在线粒体方面依旧保持了较为严格的母系遗传,也侧面证明鲌鲂杂交品系是远缘杂交的产物。3.对鲌鲂杂交品系及其原始亲本的5S r DNA的结构及变异情况进行了分析。我们发现原始母本翘嘴红鲌中具有两种5S r DNA结构单元(188bp和286bp),而原始父本团头鲂及子代鲌鲂杂交品系中则只有一种(188bp)。我们推测远缘杂交过程中子代鲌鲂遗失了原始母本特异的一种5S r DNA结构单元。同时我们发现在鲌鲂杂交品系中具有5S r DNA的二聚体(376bp和564bp)。对比鲌鲂杂交品系及原始父本团头鲂的376bp 5S r DNA,我们发现7个核苷酸变异位点,其中鲌鲂杂交品系各世代之间为6个,我们推测这是因为鲌鲂杂交品系作为一个群体具有多态性。