西瓜(Citrullus lanatus),属葫芦科西瓜属一年生蔓性草本植物,原产于非洲。西瓜是世界上重要的水果之一。随着生活水平的提高,人们对西瓜品质要求也越高。西瓜品质包括外观、口感及营养等。西瓜果皮的色泽是西瓜果实的品质评价以及种质改良的重要经济性状,是现代社会人们在西瓜消费中参考的重要商品特性,因此,优质、高产和外观美丽的西瓜新品种有利于西瓜品种结构的丰富和商品质量的提高,同时也对西瓜的商品性具有很大的影响。本试验从西瓜黄皮突变型材料、绿皮野生型材料的果实座果期、膨大期及成熟期6份样品中提取果皮色泽相关基因,运用转录组测序技术研究基因的生物学功能。基于转录组测序数据,我们进行了转录组文库的评估、基因的分析、各个时期差异表达基因的分析结论如下:(1)经过电泳检测、微量紫外分光光度计定量检测获得了符合建库标准的西瓜果皮总RNA。使用Qubit2.0、Aglient2100对文库的浓度和插入片段大小进行检测,用qPCR方法对文库的有效浓度进行准确定量,检测和定量确定文库质量合格。6份样品转录组测序完成之后,除去其中接头序列及低质量Reads共获得34.27Gb Clean Data,且各样品Clean Data均达到4.67Gb,Q30碱基比均在86.85%及以上,转录组测序数据质量较好。将各样品的Clean Reads与制定的参考基因组进行序列对比,其比对效率为83.75%到88.11%不等,该转录组数据能够满足信息分析的需求及后期数据分析的可靠性,结果比较理想。(2)基于参考基因组序列比对结果,进行了可变剪接预测分析,对10550个基因结构进行了基因结构优化分析,共发现基因958个,其中有678个已有功能注释。(3)在同一时期不同颜色的差异表达基因COG功能分类中,通用功能预测,转录,复制、重组和修复,氨基酸转运和代谢,碳水化合物的运输和代谢这五种功能的基因数量较多,其中核结构、细胞运动、细胞外结构在三个时期的对比中均无对应的差异表达基因。GO注释中,主要是注释到细胞组成部分中的细胞外基质的组成部分、外区部分、外区、细胞外基质,分子功能部分中的核酸结合的转录因子的活性、电子载体活动,生物过程部分中的发育、多生物过程、细胞外基质、蛋白结合的转录因子的活性等功能。KEGG注释中,主要集中注释到环境信息处理的植物激素信号转导、代谢部分中的苯丙合成、代谢部分中的光合作用、代谢部分中的淀粉和蔗糖代谢这几个通路中。(4)同种颜色不同时期差异表达基因在COG功能分类中,差异表达基因主要为通用功能预测,转录,复制、重组和修复,碳水化合物的运输和代谢,信号转导机制等基因,而核结构、细胞运动、细胞外结构等在COG功能分类中并无对应的基因。G O注释中,主要几种表现在细胞组分的细胞外基质的组成部分和细胞部分,分子功能的蛋白标签和转录因子活性,生物学过程中的细胞杀伤和多生物过程。KEGG注释中,主要集中注释在环境信息处理部分中的植物激素信号转导、代谢部分中的淀粉和蔗糖代谢、代谢部分的光合作用、代谢部分中的苯丙合成、遗传信息处理部分中的核糖体、代谢部分中的苯丙氨酸代谢。(5)基于TopHat2比对打分大于等于50;单碱基错配位点间隔不小于5个碱基;变体识别质量值不低于20;序列测序深度,不低于5x且不高于100x的SNP筛选条件,T01、T02、T03、T04、T05、T06分别获得了13853个、15617个、14163个、12155个、15108个、18297个可靠的SNP位点。6个样品转录组的SNP分析,在T01中有13852个可靠的SNP位点,在T02中有15617个可靠的SNP位点,在T03中有14163个可靠的SNP位点,在T04中有12155个可靠的SNP位点,在T05中有15108个可靠的SNP位点,在T06中有18279个可靠的SNP位点。