【摘 要】
:
基因组序列的k-mer使用是非随机的,研究k-mer非随机使用规律以及特征k-mer的生物学功能,对于了解基因组结构和进化具有重要的生物学意义。本文从整个人类基因组出发,通过研究DNA
论文部分内容阅读
基因组序列的k-mer使用是非随机的,研究k-mer非随机使用规律以及特征k-mer的生物学功能,对于了解基因组结构和进化具有重要的生物学意义。本文从整个人类基因组出发,通过研究DNA序列8-mer频数分布特征探究其进化保守性。为此我们对人类基因组DNA序列进行了8-mer的提取,按照频数出现从小到大的顺序,设置相同的区组对其绘制频数分布图像,结果显示其分布呈现三峰现象。我们将这三个峰按照从左到右依次叫做峰一、峰二和峰三。按照包含二核苷酸XY的个数,将整个8-mer集合按照不包含、包含一个和包含两个及以上分成三个模体子集,分别记为XY0、XY1和XY2,并且分别绘制分布图,发现只有以CG分组的CG0、CG1和CG2模体子集各自形成独立的单峰,并且与整体8-mer所呈现的三峰相对应。我们在同一坐标系下绘制组分约束下的随机序列8-mer频数分布与人类基因组DNA序列频数分布图像,发现峰三与随机序列相对应,而峰一峰二远离随机分布中心,说明峰三具有随机性,峰一和峰二具有很强的保守性。 结合之前组内的研究,我们推测CG2模体子集是CpG岛序列的核心模体,为了验证我们的猜想,本文中提取整个人类基因组上的CpG岛序列,同时相应的提取等长的非CpG岛序列,按照二核苷酸的分类分别计算每一个模体中的CpG岛序列和非CpG岛序列的特征量,通过分别绘制对应的分布验证了CG2模体子集是CpG岛分类的指标。在之后的研究中,我们对CpG岛序列根据以CG分类的三种特征量Ktri做分布图,发现以CG2分类的特征量在CpG岛序列上呈现了明显的局域结构,再次证明CG2模体子集是CpG岛序列的核心模体,我们分别设定一定的标准提取代表局域结构的序列片段,发现其长度集中在15bp至23bp间,峰值出现在17bp的位置。
其他文献
纳米材料由于独特的性质和潜在的应用,成为目前研究的热点。当尺度接近玻尔半径时,纳米材料产生许多不同于体材料的特殊性能,如分立能级、表面重构等。本文从ZnO基化合物纳米
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。
Please download to view, this article does not support online access to view profile.
本文通过实验方法对其进行了进一步的研究,主要结果如下: (1)研究了化合物La0.8Ce0.2(Fe1-xCox)11.4Si1.6(x=0.02,0.04,0.06)的相组成、巡游电子变磁转变(IEMT)特性和磁热效应
都说播种行为收获习惯,播种习惯收获性格,播种性格收获人生.因此,学生的良好行为习惯的养成教育应是班主任工作的主要任务.rn一、抓好学生小升初的衔接转化工作是班主任的共
本文用基于密度泛函理论(DFT)的全电子平面波方法,从电子层面上系统地研究了参杂对三元催化剂中二氧化铈基氧化物性能的改善,以及贵金属团簇和还原性氧化物在去除有害气体时
本文综述了GRBs到目前为止所取得的观测和理论成果,并介绍了本人在攻读博士学位期间对超吸积模型之一—中微子主导吸积流(neutrino—dominated accretion flow,本文统一简记为N
应该说,我们的绝大多数领导机关和领导干部都能正确对待媒体批评,做到了闻过则喜、闻过则改,赢得了广大人民的信赖。但是,也不能不看到,有的人害怕批评、压制批
It should
激光技术的出现,为散射碰撞过程提供了能量源和背景场地,使得研究激光作用对原子分子散射过程的影响成为可能。激光参与电子一原子散射会出现一些新的过程,对该过程进行深入
自从2002年铁磁金属向有机材料内自旋注入的现象被报道以来,有机自旋电子学得到了迅速的发展。与传统半导体材料相比,有机材料具有独特的自旋电子学优势,比如原料价格便宜、材料
贯彻新课程标准,课堂是主阵地,作业是分战场.要彻底改革过去那种机械、枯燥、繁琐的作业形式,加强作业创新,赋予作业新的生命,还学生以自主、生动、充满智慧与情趣的人文作业