还原论是西方科学哲学理论中的重要思想，不可否认，还原论纲领在一段时期内是指导科学进步的积极的纲领。然而随着科学的发展以及还原论应用的逐渐深入，还原论的经典理论和模型逐步陷入困境。这种困境显著地体现在了物理学领域以外的生物学科学中。20世纪中期，关于经典遗传学和分子生物学之间是否存在还原关系的讨论，引发了一次重要的科学哲学辩论，这一辩论也使得生物学哲学确立起了自身的理论逻辑。时至今日，生物学理论的还原问题依然是生物学哲学研究的重要论题之一，然而，与大多数反还原论立场不同，这项研究并非是单纯地从反还原论的立场上对还原论在生物学中的应用进行批判，更不是单纯的希望为还原论在生物学哲学领域的应用做出一个是或否的定论。本文的研究目的是希望站在生物学哲学的研究立场上，对还原论在生物学中的适用做出评价，也就是在维护生物学独特性的同时，对还原论做出某种限制，让还原论处于自己的合适地位和适用范围。最终，希望可以通过这样的努力，考察生物学哲学独特的方法论和认识论，形成科学哲学研究的新进路。从生物学哲学的独特视域，可以对还原论问题展开以下三个层次的分析：（1）系统梳理还原论的相关内容、原则和方法，对还原论的类型进行分析和区别。还原论是一个庞杂的理论系统，很多学者对此做出过多种分类和研究，不同类型的还原论，将有不同的研究范畴，对此所展开的研究及给出的答案也都有很大差别。仔细辨别这其中的差异可以避免很多疏漏和误解；（2）分析还原论在生物学领域的应用，以生物学哲学的研究方法考察还原论在解决生物学相关问题时的障碍。由于生物学本身也具有庞大的分支学科，因此本文将主要着眼于生物学的几个重大分支，如遗传学、进化论和分子生物学相关方面的还原论问题，对生态学、生理学的方面的还原论问题将有所提及但不具体涉及；（3）通过生物学哲学关于还原论问题的探讨，本文最后将试图澄清生物学同其他科学之间的不同之处，确立生物学的学科特殊性，并为生物学的学科成熟提供更合理的走向。同时，通过生物学哲学对还原论的研究，生物学哲学提供的独特视角和方法，也将使传统科学哲学理论本身得到补充和发展，获得新的研究进路。最后，本文提出了发展生物学哲学三个值得思考的方向，即生物学哲学应该（1）关注概念的发展而不是定律的建立；（2）重视理论的描述性而不是规律性；（3）明确生物学系统的复杂性而非强调统一性。