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荷包红鲤是我国水产养殖的优良鲤鱼品种之一，在江西省婺源县已经有800多年的养殖和培育历史。由于它具有生长迅速、适应性强、耐低氧以及独特的体型等特点，被广泛应用于各种鲤鱼杂交育种的亲本。我国对荷包红鲤的研究工作已进行了几十年，但是运用组学的相关方法来解析其性状的遗传机理却还处在起步阶段。本文以荷包红鲤为研究对象，以黄河鲤作为参照物种，通过Illumina高通量测序技术对两种鲤鱼的三种组织的RNA进行测序，测得双末端段片段一共221兆，再通过Trinity软件对测序结果进行从头拼装成参照转录组，装配获得203，590个contig作为参照序列。通过比较表达谱分析，得到在皮肤、鳃和血液中差异表达的基因个数分别为2163（上调840个，下调1323个）、1764（上调842个，下调922个）和1774（上调1044个，下调730个）。在三组差异表达基因中各随机挑选5个差异明显基因进行定量PCR验证，基因的表达模式与比较表达谱分析的结果高度吻合，证明了比较表达谱分析的可靠性。对差异表达基因进行Pathway分析，结果表明在黑素原合成信号通路中，TYRP1、PMEL等基因通过对真黑素和伪黑素合成的调节来控制体色差异;通过对鳃中差异表达基因的分析，我们发现与低氧调节相关的HIF和VEGF基因在荷包红鲤中均出现高表达。在血液中与骨形态生成相关的BMP8A在荷包红鲤中也有显著上调，猜测该基因与其特殊体型有密切关系。本文以黄河鲤作为参照，借助比较转录组学手段对荷包红鲤进行系统的研究，揭示了荷包红鲤在体色形成方面的遗传调控机制，以及耐低氧方面的生存优势，为今后的遗传育种提供了必要的遗传学基础。