国库集中支付制度改革是我国财政支出管理制度改革的重要内容,是我国建立公共财政框架的重要组成部分。实行国库集中支付,其实质就是将政府所有财政性资金集中在国库或国库指定的代理行开设的账户,同时所有财政性支出均通过这一账户进行拨付,以进一步增强财政资金支出的透明度,提高财政资金的使用效率。随着财政国库集中收付制度改革的不断推进,水利财政国库集中支付改革工作取得了一定成效,但在财政资金国库集中支付中也反映出一些问题,特别是财政直接支付效率低下的问题,已成为制约财政国库集中收付制度改革的瓶颈。为充分研究水利工程资金国库集中支付的运行机制,优化水利工程资金直接支付程序,进一步提高直接支付的效率,更好地推进国库管理制度改革。本文通过理论探讨和实地调研的方式,对水利工程建设管理与国库集中支付管理运行现状和两者的关系进行了调查研究,在分析财政直接支付工作中存在问题的基础上,从有利于实现监控、效益、透明的目的出发,研究寻找水利工程建设的真正责任点和有效的支付审核程序,从而提出实现财政资金使用安全、资金支付效率提高、资金监控到位、支付程序透明、工程建设进度不受影响、相关方权责明确的财政直接支付管理方案。