科学技术与社会的协调发展已成为当今世界最迫切的问题。如何才能作到协调发展?这既是一个理论问题，也是个实践问题。对于这个问题的研究，最终在很大程度上将落脚于对科学自主性的维护与对其的社会控制问题上来。科学的自主性始终是科学健康发展的最重要的保障之一，也是科学自我辩护的重要资源。可是长期以来，科学的自主性常常被作为一个不加考察的概念在使用。但实际上，在学理上和现实中，对它本身的研究，都有非常重要的价值。纵观历史，科学的自主性作为西方科学的传统观念，从科学作为一种社会建制以来，经历过热情推崇，野蛮干涉，甚至极权践踏，对它的侵害、反思和争议其实始终存在。随着科学在当代的发展，特别是大科学的出现，更对科学的自主性提出了严峻的挑战。二战后，科学技术自身和科学—社会关系都发生着深刻的变化，科学自主性问题的重要性突现了出来。进入“大科学”时代以来，由于科学与政治、经济、社会的关系变得愈加复杂，使得科学在积极承担起对社会的责任的同时，如何合理地保障其自主性，越来越成为各国科学家共同关心的问题。比如在科学技术民主化的呼声和坚持科学自主性的呼声中，我们如何取舍、平衡?科学是否还能继续按照自身的逻辑来自主发展?科学该如何在自主与社会控制之间寻找一个随时间不断变动的平衡点?科学自身的发展，以及社会的可持续发展中的许多重大的理论和现实问题，都迫切要求对科学的自主性加以系统的研究。对科学自主性问题的研究，可以使人们了解到科学自主性对科学健康发展的重要意义，以及科学自主性一旦受到损害可能带来的危险的社会后果，进而在为了防止科学异化而提出对其进行社会控制的同时，可以充分考虑到如何对在科学的健康发展中起着重要作用的科学自主性进行合理保障。本文从理论、历史和现实三个角度系统地考察了科学的自主性。在理论方面，从传统大科学事业的理想出发，分别探讨了默顿对科学自主性问题的研究成果和著名的贝尔纳与波兰尼之争，以及其它关于自主性问题的理论发展线索。在历史方面，回顾了从近代科学起源开始，科学自主性的原则在西方世界中的发展脉络，并重点通过对历史上几个典型案例的分析，说明了科学的自主性遭到破坏后所产生的严重后果；在现实语境下，从政治、经济、伦理、文化和体制等方面，系统梳理了损害与质疑科学自主性的主要方面。继而进行的反思则分析指出，在当代条件下依旧必须维护科学的自主性，并且应当从科学-社会关系的调适入手，促使自主与社会控制在取得动态平衡的前提下，最终统一在责任的视野下。