苏南拥有在国内相对领先的现代化水平和经济实力,一直是探索我国新型区域发展模式的先锋队。然而,在飞速发展的过程中,苏南也遇到了经济发展方式转型的瓶颈,而突破瓶颈的关键就在于进行区域协同创新。基于马克思主义理论视角,区域协同创新具有联系性、发展性和矛盾性；基于复杂性理论视角,区域协同创新具有系统性、进化性、自组织性、非线性和开放性：并以上述两种理论在区域协同创新问题上进行相互印证。综合苏南近年来经济、科技发展相关数据,对苏南开展区域协同创新的可行性、苏南科技创新能力和发展潜力分别进行分析,得出苏南具有推动区域科技协同创新的良好基础,适宜进行区域协同创新的结论。透过苏南区域协同创新现阶段取得的成绩和特征,可看出苏南在协同创新方面已逐渐取得了一定成效,但仍存在政策、经济、技术等层面相当程度的不规范和不完善,区域协同创新的发展还有很大的提升空间,同时指出苏南区域协同创新具有示范性、紧迫性、过程性、开放性以及对“强政府”有较高渴求度的特征。在此基础上,对苏南现有问题和原因进行了剖析。发现苏南存在区域内各市之间的行政、经济、以及技术上协同不足的问题,而导致苏南区域协同创新出现问题的原因在于苏南区域发展的阶段性、区域系统内要素协同度不高、区域系统进化力不足和有序度不够。然后,运用马克思主义理论和复杂性理论对苏南实现区域协同创新的基本思路进行了梳理,内容如下：首先,应由区内各地方政府作为协同控制参量,利用政策性工具对整个协同活动进行主导；在区域协同创新的结构初步形成后,政府由督导性质转变为服务性质,作为区域系统中的一个要素继续存在于新的结构中,并发挥新的功能。区域巨系统由一定程度的自组织进一步向更高级的自组织迈进。在一系列行政、经济和技术手段刺激后,整个区域系统内的序参量不断上升,直至达到可诱发涨落的阂值。而通过量变引发的巨涨落质变,序参量将彻底突破阂值,促使系统进化,完成相变。最终,区域复杂巨系统内各子系统达到高度协同,并形成高级自组织,从而摆脱混乱状态,基本完成从低级走向高级,从无序走向有序的跃迁,建立起一个新的开放、有序、远离平衡的自组织区域协同创新系统。此外,指出苏南区域协同创新过程中应遵循三条原则：一是保证区域协同创新系统的动态发展性：二是维持区域协同创新系统的开放性；三是区域协同创新系统内各要素之间非线性相互作用。最后,提出推进苏南区域协同创新的对策：一是通过子系统协同以提高苏南区域系统协同度,实现方法为行政、经济、技术上协同作为。二是自主创新驱动以加强苏南区域系统进化力,实现方法为建立以企业为核心的产学研自主创新联盟,对苏南区域内创新型领军企业和科技小微企业并重培育,以及加大对高级人才的激励力度。三是区域巨系统主动与区域外环境互动以增进苏南区域开放性,实现方法为加强苏南区域与周边区域、省市的全面合作,拓展苏南区域与国际间的经贸、技术合作。四是全面规范以确保苏南区域系统有序度,实现方法为分配、行政、法律、经济、评价多方面规范。总体来说,苏南区域协同创新应秉承“和而不同”的理念,一方面实现区域巨系统内部各子系统之间、各创新主体(要素)之间的有序竞争和差异化协同；另一方面实现区域巨系统与全国、全球大环境的深入交流合作,进行及时、开放的物质、能量和信息交换,吸收负熵,降低系统内部协同过程中出现的混乱,使苏南区域稳步走向有序。