常见人疱疹病毒PCR-基因芯片技术的建立及临床应用

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临床常见的人疱疹病毒有单纯疱疹病毒1型和2型(HSV-1、HSV-2)、水痘-带状疱疹病毒(VZV)、爱泼斯坦-马尔病毒(EBV)、人巨细胞病毒(CMV)和人类疱疹病毒6型(HHV-6A、HHV-6B)等,由人疱疹病毒感染引起的发热、黄疸、肝脾肿大、脑炎或脑膜炎等,因症状和体征无特异性,其早期诊断和及时治疗需依赖于实验室的诊断。在本研究中,我们在人疱疹病毒的DNA多聚酶基因区设计引物和寡核苷酸探针,并将探针固定于经特定修饰的玻片上,制成基因芯片,最终建立了PCR-基因芯片技术快速并行检测HSV-1、HSV-2、VZV、EBV、CMV、HHV-6A和HHV-6B等多种人疱疹病毒,并对临床血、脑脊液标本进行检测,取得良好结果。本研究分为两部分:第一部分,常见人疱疹病毒PCR-基因芯片技术的建立:第二部分,常见人疱疹病毒PCR-基因芯片技术的临床应用研究。第一部分常见人疱疹病毒PCR-基因芯片技术的建立方法:以人疱疹病毒DNA多聚酶基因为靶序列,设计引物,用于同时扩增单纯疱疹病毒1型和2型(HSV-1、HSV-2)、水痘-带状疱疹病毒(VZV)、爱泼斯坦-马尔病毒(EBV)、人巨细胞病毒(CMV)和人类疱疹病毒6型(HHV-6A、HHV-6B)等多种人疱疹病毒;在各扩增序列内设计特异寡核苷酸探针,并将探针固定于经特定修饰的玻片上,制成基因芯片;标本经PCR扩增并CY5荧光标记后,与基因芯片进行杂交分型,洗脱后激光扫描读片。结果:7种人疱疹病毒经PCR扩增后产物为224-252bp(HSV-1、HSV-2各232 bp,VZV 224 bp,EBV 227bp,CMV 235bp,HHV-6A、HHV-6B各252bp),与基因芯片上相应的探针位点杂交后可鉴别分型,无交叉杂交现象,且各相同探针位点的杂交信号强度无明显差异。金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、乙肝病毒、新型隐球菌、白色念珠菌及人基因组DNA经PCR扩增及凝胶电泳后,均未见相应长度片段的条带,与芯片亦无杂交现象。将各标准病毒株的质粒经梯度稀释至10~0~10~7拷贝/μl后作为模板,进行PCR-基因芯片技术检测,其最低检出浓度为:10~1拷贝/μl。结论:建立的多重PCR-基因芯片技术,可同时扩增并鉴别分型7种人疱疹病毒,且特异敏感、快速简便,可望为临床早期、准确诊断人疱疹病毒的感染提供有效方法。第二部分常见人疱疹病毒PCR-基因芯片技术的临床应用研究方法:对132例临床拟诊为病毒感染患儿的血标本,以及61例拟诊为病毒性脑炎、脑膜炎患儿的脑脊液标本,进行PCR-基因芯片杂交检测,同时用TaqMan荧光定量PCR法分别检测标本中HSV-1、HSV-2、EBV和CMV;并将部分阳性标本经分子克隆后测序。对照组为35例正常健康体检儿童的外周血和30份非病毒感染的脑脊液标本(脑肿瘤8份,化脓性脑膜炎22份)。结果:1、在132例血标本中,共检出49例阳性标本,其中HSV-1 1例,HSV-2 1例,EBV 16例,CMV 22例、HHV-6A 1例,HHV-6B 3例,HSV-2/CMV混合感染1例,VZV/CMV 1例,EBV/CMV2例,EBV/HHV-6B 1例;2、在61例脑脊液标本中,共检出6例阳性标本,其中HSV-1 1例,HSV-2 2例,EBV 1例,HSV-2/CMV混合感染1例,EBV/HHV-6B 1例;3、与TaqMan荧光定量PCR法比较,PCR-基因芯片技术检测血、脑脊液标本中HSV-1、HSV-2、EBV和CMV等4种病毒的敏感度和特异度分别为96.2%和99.3%;PCR-基因芯片检测VZV、HHV-6A、HHV-6B阳性的7份标本,经分子克隆后测序,与基因库中相应病毒序列比较,其同源性均大于98%。35例正常健康儿童的血标本和30例非病毒感染的脑脊液标本7种人疱疹病毒DNA检测均为阴性。4、多数病例临床诊断或症状支持PCR-基因芯片检测结果,部分病因或诊断不明确的病例(如肝功能损害原因待查、黄疸原因待查等),PCR-基因芯片技术则可为其病因的明确提供有效手段。结论:将PCR-基因芯片技术应用于临床血、脑脊液标本中常见人疱疹病毒的检测及基因分型,具有快速、特异、敏感的特点,可为临床早期、准确诊断人疱疹病毒的感染提供有效方法。
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