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采用聚合酶链式反应(PCR)技术对笛鲷属的11个习见种：勒氏笛鲷(Lutjanus.russellii)、红鳍笛鲷(Lutjanus.erythropterus)、紫红笛鲷(Lutjanus.argentimaculatus)、星点笛鲷(Lutjanus.stellatus)、约氏笛鲷(Lutjanus.johnii)、千年笛鲷(Lutjanus.sebae)、金带笛鲷(Lutjanus.fulvus)、金焰笛鲷(Lutjanus.fulviflamma)、画眉笛鲷(Lutjanus.vitta)、奥氏笛鲷(Lutjanus.ophuysenii)和马拉巴笛鲷(Lutjanus.malabaricus)的mtDNA的CO I基因与核糖体DNA的ITS区全序列进行了扩增。PCR产物纯化后经T载体连接进行克隆、测序，序列结果对比拼接后提交GenBank并获得序列登录号(EU502667-EU502710)。CO I基因序列全长1551bp，A、T、G、C的含量平均为28.7％、28.7％、19.0％和27.9％，AT含量稍高于GC含量，11种笛鲷中碱基组成差异不大。利用MEGA4.0软件检测到简约信息位点(parsimony informative sites)371个，转换和颠换比为2.0。Tamura-Nei平均遗传距离为0.125。利用测得序列分别构建了NJ和ME分子系统树，选用谐鱼(Emmelichtys truhsakeri GenBank登录号AP004446)为外群，发现两种方法构建的系统树基本一致：画眉笛鲷、奥氏笛鲷和金带笛鲷聚为一支；马拉巴笛鲷、红鳍笛鲷和千年笛鲷聚为一支；盒焰笛鲷、约氏笛鲷和勒氏笛鲷聚为一支；紫红笛鲷和星点笛鲷聚为一支。种间关系在应用这两种方法分析时都得到了高于50％的支持率，其中马拉巴笛鲷和红鳍笛鲷有着最为紧密的亲缘关系，奥氏笛鲷和画眉笛鲷有着较为紧密的亲缘关系。总体来看各个种之间均保持了一定的遗传距离，没有出现种间个体相互混杂的现象，这也说明了在南海海域的这11种笛鲷仍保持了自己的遗传特性。对核糖体DNA ITS区比对后发现各物种序列长度有一定差异，但是其碱基组成比例却没有很大的差别。A、T、G、C含量平均为17.0％、19.4％、30.3％和33.4％，GC含量远远超过AT含量。经过比对后发现变异位点753个，其中包括简约信息位点620个。核酸转换值和颠换值分别为140和221，转换/颠换比值平均为0.6，这一比值远远低于正常DNA序列的比值。根据Kimura-2双参数和Jukes-Cantor单参数两种模型计算的11种笛鲷的平均遗传距离都为0.300，远大于由CO I基因序列获得的平均遗传距离。使用远东多线鱼(Pleurogrammus azonus GenBank登录号AB244629)为外群构建的NJ和ME系统树基本一致，除了紫红笛鲷和星点笛鲷这一支先与马拉巴笛鲷、红鳍笛鲷和千年笛鲷这一支先聚合外，其他分支情况与线粒体DNA CO I基因序列构建的系统进化树完全一致。