本研究利用29个微卫星座位多态性分析了中国农业科学院家禽研究所国家地方禽种资源基因库保种的鹿苑鸡、固始鸡、藏鸡、白耳鸡、仙居鸡、茶花鸡、大骨鸡、北京油鸡、狼山鸡、河南斗鸡、丝羽乌骨鸡和萧山鸡等12个地方鸡品种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量和群体间的亲缘关系，并分析了12个地方鸡品种在体尺、体重、屠宰性能、肉品质和产蛋性能之间的差异以及微卫星标记与这些性状之间的关联。研究结果如下： 一、地方鸡品种的遗传多样性 1．本研究所采用的29个微卫星标记在12个地方鸡品种中均表现出较丰富的多态性，共检测到228个等位基因，平均每个座位的等位基因数为7.86±5.19个(2～23个)。有的微卫星座位上的等位基因只在某个地方鸡品种中检测到，如NCW248微卫星座位上的217bp只出现在丝羽乌骨鸡，MCW183微卫星座位上的310bp为藏鸡所独有，等等。这些等位基因可能是相应地方鸡品种的特征性等位基因。12地方鸡品种与53个欧洲鸡种(系)在29个微卫星座位上进行比较，发现我国12个地方鸡品种有59个基因是欧洲鸡种(系)所没有的，其中在LEI234微卫星座位上就有17个基因，表明我国地方鸡品种与欧洲鸡种(系)在遗传基础上存在一定的差异。 2．12个地方鸡品种的平均基因杂合度在0.4492～0.6081之间，平均多态信息含量在0.395 6～0.5542之间，29个微卫星座位上的平均有效等位基因数在1.48～4.19之间，表明中国地方鸡品种的遗传多样性比较丰富。与欧洲、南非、泰国等国52个鸡种(系)的平均基因杂合度进行比较，发现我国地方鸡品种比欧洲、南非、泰国等鸡种(系)的遗传多样性更为丰富。 3.在29个微卫星座位上，根据Nei氏遗传距离得到的聚类图中，12个地方鸡品种被分为两大类。第一大类包括1。个地方鸡品种，这10个地方鸡品种又分为以下4类:鹿苑鸡和萧山鸡先聚在一起，再与北京油鸡聚在一起，形成第1类;白耳鸡与仙居鸡聚在一起，大骨鸡与丝羽乌骨鸡聚在一起，然后狼山鸡再与大骨鸡和丝羽乌骨鸡聚在一起，后三个鸡品种再与先前聚在一起的白耳鸡和仙居鸡聚在一起，形成第2类:河南斗鸡和固始鸡分别形成第一大类中的第3类和第4类。藏鸡和茶花鸡聚在一起，形成第二大类。采用最小组内平方和法(磁nssw)得到的结果验证了上述12个地方鸡品种的分类结果。 吸.本研究采用的两种聚类方法在29个微卫星座位上对12个地方鸡品种间的亲缘关系聚类结果是基本一致的。采用1。、2。和29个微卫星座位对12个地方鸡品种间亲缘关系进行了聚类，结果表明10个微卫星座位的聚类结果与29个微卫星座位的聚类结果存在明显的差异，20个微卫星座位的聚类结果与29个微卫星座位的聚类结果比较一致。二、地方鸡品种体尺、体重和生产性能比较 12个地方鸡品种12周龄体尺、体重、屠宰性能、胸肌肉品质和开产后300天产蛋性能之间存在明显的差异。大部分地方鸡品种12周龄公、母鸡在体斜长、龙骨长、骨盆宽、胫围和体重之间存在显著的差异(P<。.05)，12个地方鸡品种内12周龄公、母鸡胫长之间均存在显著差异(P<0 .05)，这些结果说明了控制公、母鸡性征的一些基因，一方面使公、母鸡在性征的表现上存在差异，另一方面这些基因也对公、母鸡的体尺和体重等性状起着一定的作用，即表现为一因多效的作用。 部分地方鸡品种间在体尺、体重、屠宰性能、肉品质和产蛋性能上存在显著差异(P<0 .05)，这是由于各品种自身的遗传基础上的差异所造成的，说明了我国地方鸡品种在这些性状上所具有的遗传多样性。三、地方鸡品种体尺、体重和生产性能与微卫星标记的关联 1.对12个地方鸡品种体尺、体重、屠宰性能、肉品质和产蛋性能进行最小二乘分析，结果表明，部分微卫星座位上，品种和性别和微卫星座位、品种和性一)别、品种和微卫星座位、性别和微卫星座位对12个地方鸡品种体尺中的部分性状和体重存在显著的或极显著的互作效应(P<。.05或P< 0 .01)。在29微卫星座位上，品种对体尺和体重均存在极显著的影响(P<0 .01)，再次说明了这12个地方鸡品种控制体尺和体重的遗传基础存在显著的差异;性别对体尺和体重存在显著的或极显著的影响(P<。.05或P<0 .01)，这一结果再次说明了控制性别或性征的基因具有一因多效现象。部分微卫星座位与体尺的部分性状和体重之间存在显著的或极显著的关联(P<。.05或P<。.01)，从侧面也反映了控制数量性状表现的基因，除主基因之外，还有许多与这些微卫星座位连锁的微效多基因一起控制数量性状的表现。 2.部分微卫星座位上，品种和微卫星座位对12周龄公鸡屠宰性能和胸肌肉品质的某些性状存在显著的或极显著的互作效应(P<。.05或P<。.01)。部分微卫星座位与屠宰性能和肉品质的部分性状之间存在显著或极显著的关联(P<。.05或P<0 .01)。 3.Mc确37座位上，品种和微卫星座位对产蛋数存在极显著的互作效应(P<。.01)，而其他微卫星座位上，品种和微卫星座位对产蛋性能均没有显著的互作效应(P>o .05)。29个微卫星座位上，品种对产蛋性能均存在极显著的影响(P<。.01)。除Mcwo37、Mew165座位与产蛋数?