随着基因科技不断发展，基因科技在就业中所引发的基因歧视问题日益引起人们的广泛关注。本文认为歧视和“区别对待”具有同义。 本文正是在此意义上着力探寻和揭示就业中的基因歧视是否具有其合理性，并从价值冲突、权利冲突等方面来回答就业中基因歧视之合理性问题。在价值冲突分析方面，就业中基因歧视之合理性问题首先需要结合罗尔斯的分配正义理论与诺齐克的持有正义理论展开分析，揭示其中所蕴涵的公平与效率之矛盾，并由此提出在就业中基因歧视问题上应该坚持的效率优先、兼顾公平的价值立场。在权利冲突考察方面，就业中基因歧视之合理性问题则涉及到求职者基因信息隐私权和用人者对求职者基因信息的知情权之间的冲突，简单地认为是求职者基因信息隐私权绝对优先或是用人者对求职者基因信息的知情权绝对优先都不符合当前实际，因而需要对这两种权利进行谨慎的权衡，才能确保就业中的基因歧视不失其合理性。 同时，笔者认为我国应当设定相应的法律对策来处理就业中基因歧视之合理性问题。我国当前应立法明确就业中的基因歧视合理性问题，并应该有具体的辅助措施，如基因检测公司准入制度等。最后，本文认为，原则上我们应该允许用人者对求职者进行基因歧视，但我们也应当禁止用人者基于对基因信息的误解而盲目地对求职者进行基因歧视。