【摘 要】
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我们完成的主要工作如下:(1)编程实现简化的环匹配算法、 Mfold算法和Lyngsφ算法,给出其试验与比较结果. (2)提出一个实用的新简化模型和相应的动态规划算法1.模型仅引入一
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我们完成的主要工作如下:(1)编程实现简化的环匹配算法、 Mfold算法和Lyngsφ算法,给出其试验与比较结果. (2)提出一个实用的新简化模型和相应的动态规划算法1.模型仅引入一种缺口矩阵whx来包含多个堆迭、嵌套和交叉伪结点,相对Rivas模型的4种缺口矩阵简化了存储结构和空间.算法利用构成准堆迭结构的两段序列的核甘酸数之差小于常数U这一特性,并使用Lynsφ中算法的一个计算技巧降低了时间复杂度,其时间复杂度为O(n<5>),空间复杂度为0(n<4>).(3)提出一个六段子序列任意组合计算的新简化模型和相应的动态规划算法2.该模型引入缺口矩阵whx来包含平面伪结点的自由能量,使用三对子序列的组合来包含非平面伪结点的自由能量.算法可计算包含任意平面伪结点和一个非平面伪结点的结构,其结果是六段子序列任意组合计算的最优值.另外算法利用准堆迭结构的特性和Lyngs φ算法的一个计算技巧降低了时间复杂度,其时间复杂度为O(n<5>),空间复杂度为O(n<4>).
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