肾综合征出血热是由汉坦病毒感染引起的急性病毒性传染病。中国是受其危害最大的国家,而龙泉市是浙江省最主要的肾综合征出血热疫区。汉坦病毒是属于布尼亚科的单股、负链RNA病毒。2012年国际病毒分类委员会确定有24种汉坦病毒,分属3类宿主,分别为啮齿目、食虫目和翼手目。目前发现的能使人致病的病毒均发现于啮齿类动物。啮齿目(Rodentia)动物是现存世界上物种种类、数量最大的哺乳动物,包括30个科,超过2000个物种。啮齿类动物分布广泛,在形态和生态上具有高度的分化。现研究发现,最早的啮齿类动物出现在古新世时期,距今六千五百万年。在自然界中,啮齿类动物至少携带60种对人类致病的病原体,包括病毒、细菌以及寄生虫等对人类高危害的病原体。如今,啮齿类动物广泛存在于居民区、农耕区等与人类密切相关的生境,极大的危害了人类的健康安全。形态学鉴定是传统的鉴定哺乳动物的主要手段,主要根据动物的头骨、牙齿、毛发等形态学上的特征进行鉴定。但对于亲缘关系比较近或形态上有损伤的动物,形态学鉴定则往往会受到限制。随着分子生物学技术的发展,利用分子方法结合形态学的手段对物种进行鉴定已渐渐成为主流。本课题组对浙江省龙泉地区的啮齿类动物进行了形态学及分子生物学的物种鉴定,同时对啮齿类动物进行汉坦病毒的检测。本文报道对啮齿类动物的物种鉴定及种群的种系发育的研究。目的：浙江省龙泉市自1974年起一直是肾综合征出血热的高发地区,而这种疾病恰恰是啮齿类动物将病毒传播给人所引起,因此对当地啮齿类动物进行物种鉴定及种群调查,对疾病的预防控制有重要作用。方法：用鼠笼对啮齿类动物进行捕捉,进行形态学鉴定。解剖后取脏器组织提取核酸,对线粒体基因Cytb、CO1、16S以及核基因IRBP进行PCR扩增。并对扩增的到序列尽行核苷酸碱基组成、替代率,种群的种内、种间遗传距离进行分析,同时使用最大似然法构建种系发育树进行各基因片段的比较和物种的地理分布分析。结果：2013年,我们在浙江省龙泉市共捕抓啮齿类动物640只,经形态学鉴定,全为啮齿类动物。包括黑线姬鼠、巢鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、褐家鼠、社鼠、东方田鼠。各抽取5只进行分子生物学鉴定后发现,形态学鉴定存在错误,即一个黑腹绒鼠被归类为东方田鼠,一个食虫目的喜马拉雅水麝鼩被归类为黑线姬鼠。对动物样本的Cytb、CO1、16S和IRBP进行PCR扩增后,我们共得到128条序列。序列的碱基组成分析,表明线粒体基因Cytb、CO1和16S序列的A+T/G+C的比例为3/2,核基因IRBP的比例相反,为2/3。通过种内、种间遗传距离分析(只包含啮齿类动物),四个基因片片段均保持在2%以内,Cytb、CO1基因的种间遗传距离最大,达到25%,而16S和IRBP基因则为17.6%和15.1%。四个基因片段分别构建系统发育树后,发现各基因片段的系统发育树拓扑结构不一致,将Cytb、CO1和16S三个线粒体基因接合在重建的树拓扑结构就准确且得到高的支持。地理分布分析,显示黑线姬鼠、巢鼠、东方田鼠、喜马拉雅水麝鼩都显示出明显的地理聚集,东方田鼠在中国表现出南、北的地理隔离。而属于家鼠属的黄胸鼠、黄毛鼠以及褐家鼠,则没有显现出地理聚集,分布广泛。结论：从捕抓的啮齿类动物的数量分布,我们认为龙泉当地流行的啮齿类物种是黑线姬鼠、褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、东方田鼠。通过种间遗传距离分析,发现Cytb和CO1基因比较适合用于不同物种的鉴定分类。单个基因序列构建的系统发育树在拓扑结构上存在差异,将Cytb、CO1和16S三个线粒体基因结合构建的系统发育树能真实的反映物种的系统发育关系。地理分析表明,除家鼠属物种外,大部分的鼠种均表现出明显的地理聚集。浙江省龙泉市发现的啮齿类物种中,由褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、东方田鼠携带的汉坦病毒,均能通过气溶胶形式传播给人类并引起出血热病。因此,对龙泉当地啮齿类动物的长期监测,对疾病预防与控制具有重要指导意义。