科研人员是科研事业单位的核心资源，他们的能力水平和主观能动性的发挥对单位的发展起到举足轻重的作用。在国家创新驱动发展战略背景下，为迎接科技体制改革、事业单位工资改革及事业单位分类改革的变局，做好科研人员薪酬管理成为公益二类科研事业单位面临的重大课题。　　论文运用案例分析方法，以BY研究所为研究对象，对科研人员的全面薪酬管理进行了系统研究。论文在总结BY研究所发展历程的基础上，探讨了其薪酬管理存在的问题及原因，提出了其薪酬管理的改善措施。论文认为，BY研究所需通过优化绩效评价和薪酬分配体系加强对应用性研究成果及成果转化的激励；针对从事不同活动的科研人员建立分类评价及薪酬管理制度；要树立全面薪酬的思想，建立直接经济性薪酬、间接经济性薪酬、非经济性外在薪酬和内在薪酬有机结合的全面薪酬管理体系。论文提出，把技术创新、产品研发等产学研用结合的相关指标纳入科研人员的考核和薪酬分配体系；针对基础研究、应用研究、技术开发和科技服务等不同领域的科研人员，在考核指标、薪酬弹性等方面予以区分；完善岗位评价；综合运用各类薪酬措施，重视和逐步加强非经济薪酬的激励作用。　　论文的研究及其结论，将对其他同类型科研机构的薪酬管理提供一定的借鉴意义。