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虽然原核微生物比真核微生物有着更高的多样性,但是真核微生物在生态系统中的作用是不可替代的。河口是世界上最多样化和生产力最强的生态系统之一。它们位于陆地和海洋的交汇处,邻近内陆地区,和海岸线交界,极易受到环境变化和人类活动的影响。而微生物对不稳定的环境很敏感,因此,微生物群落可以用来评价河口生态系统的状态。沉积物和上层覆水在生态系统中一直有着紧密的联系。然而,对河口地区这两种生境中真核微生物的认识还非常有限。本研究在2012年10月山东省东营市垦利县境内采集了黄河口具有代表性的沉积物与水体样品,并通过荧光定量PCR和454高通量测序技术对该地区沉积物和水体中真核微生物丰度、多样性、群落结构及其与环境因子的关系进行了研究。主要结果如下:（1）使用荧光定量PCR检测真核微生物丰度,结果表明,沉积物样品的真核微生物的18S rRNA基因丰度为1.03×106-5.48×107copies/g DW,平均为1.45×107copies/g DW。然而,水体真核微生物18S rRNA基因丰度为3.01×104-1.25×106copies/mL（平均5.61×105copies/mL）。总的来说,经过秩和检验,沉积物样品中18S rRNA基因丰度显著（Wilcoxon rank-sum test,P=0.008）高于水体。（2）对沉积物和水体样品真核微生物进行高通量测序,结果表明除D外,沉积物中的OTU数（78-136）均高于水体（75-105）;除A点外,水体Chao1指数（195-304）高于沉积物样品（98-386）。沉积物中Shannon多样性指数显著（Wilcoxon rank-sum test,P=0.032）高于水体。综上,真核微生物多样性在两种生境中并没有表现出明显趋势。（3）基于高通量测序的结果,对真核微生物在不同的分类学水平进行了分析。在门水平上,除了个别水体样点WE,真核微生物群落可分为两个独立的分支,沉积物分支（SA-SE）和水体分支（WA-WE）。沉积物中后生动物门（Metazoa）（0-45.3%）、真菌门（Fungi）（23.15%-47.15%）、链型木霉门（Streptophyta）（1.1%-35.2%）、褐藻门（Ochrophyta）（6.3%-19.2%）、丝足虫门（Cercozoa）（1.6%-15.9%）、甲藻门（Dinophyta）（1.6%-15.9%）和绿藻门（Chlorophyta）（0%-5.8%）为优势门。水体中以甲藻门（Dinophyta）（1.65-78.02%）为优势类群,在各个水体样点（除了水体WE样品）都广泛分布,其次为后生动物门（Metazoa）（0-45.3%）、褐藻门（Ochrophyta）（1.4%-20.3%）、隐藻门（Cryptophyta）（1.1%-6.3%）、绿藻门（Chlorophyta）（1.1%-9.1%）、丝足虫门（Cercozoa）（1.1%-4.7%）、真菌（Fungi）（0-8.5%）和下睫虫门（Katablepharidophyta）（0.3%-2.7%）。经相似性分析表明这两种生境有显著差异（ANOSIM,P=0.027）。（4）虽然沉积物和水体中的真核微生物类群有较大差异,但在OTU水平上也发现了共有类群:OTU92代表座囊菌纲（Dothideomycetes）。（5）环境因子与真核微生物的皮尔森相关性分析表明,沉积物中真核微生物对环境因素的敏感性要比水体低。其中与沉积物中真核微生物类群显著相关的环境因素只有溶解氧（DO）、总碳（TC）和深度（Dep）显著（P<0.05）相关,而在水体中真核微生物则与pH、盐度（Sal）、溶解氧（DO）、NO3-、NH4+、TP等多种因素显著（P<0.05）相关。另外沉积物和水体真核微生物的共存网络关系表明,水体真核微生物之间的网络关系比较复杂,而在沉积物中相对简单。综上,本研究为河口沉积物和水体的真核微生物的研究提供了基本依据,这对于指导生态系统管理的实际应用、保护生物多样性具有一定理论实践意义。